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LewisLabUCSD

索引済みのリポジトリ 9 件 · GitHub で見る

Ligand-Receptor-Pairs
Compendium of available lists of ligand-receptor pairs and surface-secreted protein interactions.

スター 155 個
MammalianSecretoryRecon
Secretory Pathway Reconstruction for Human, CHO, and Mouse

Jupyter Notebook · スター 12 個
PinAPL-Py
A no hassle tool for analyzing your favorite CRISPR screen dataset!

Python · スター 11 個
GlyCompare
Comparing glycoprofiles, leveraging motif substructure arithmetic

Jupyter Notebook · スター 10 個
StanDep
Code for StanDep Paper

MATLAB · スター 5 個
RegressionModelPipeline
Pipeline for feature selection, interaction assessment, regression modeling and prediction assessment for 1-1000s of features

R · スター 4 個
GlyCompareCT
glyCompare command line tool

Python · スター 3 個
iGSEA
Wrap code for runing GSEA analysis

R · スター 2 個
Mito_Trace
Tracking cell-lineage using mutations in the mitochondrion genome.

Jupyter Notebook · スター 0 個

初心者向けすべて

オープンすべて

Issues with running example data sets オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

LewisLabUCSD/GlyCompareCT#3 · コメント 1 件 · 2024年5月3日に作成
Problem with opening a file オープン

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 20/100

LewisLabUCSD/Ligand-Receptor-Pairs#2 · コメント 4 件 · 2024年2月19日に作成
Mistake of the files オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 35/100

LewisLabUCSD/Ligand-Receptor-Pairs#1 · コメント 1 件 · 2023年7月10日に作成
How to install ”iGSEA“ in Rstudio? オープン

難易度 1/5 1時間未満初心者へのやさしさ 30/100

LewisLabUCSD/iGSEA#2 · 2022年10月16日に作成
How do I run these scripts on Linux? The Web-application is not working. オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

LewisLabUCSD/PinAPL-Py#2 · コメント 2 件 · 2022年3月29日に作成
Missing file for the Quick Example run オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#16 · コメント 1 件 · 2022年1月3日に作成
growth of poisson refactor オープン

todo

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#49 · 2021年5月25日に作成
Add the MT clone map so it can contain multiple mutants in lineages オープン

todo

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#48 · 2021年5月25日に作成
Add the MT clone map so it can contain multiple mutants in lineages オープン

todo

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#46 · 2021年5月25日に作成
account for mt_pos being a list not an int オープン

todo

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#45 · 2021年5月25日に作成
This should be in mro/common for general use オープン

todo

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#44 · 2021年5月25日に作成
account for mt_pos being a list not an int オープン

todo

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#37 · 2020年12月10日に作成
This should be in mro/common for general use オープン

todo

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#36 · 2020年12月10日に作成
This should be in mro/common for general use オープン

todo

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 32/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#35 · 2020年12月10日に作成
Refactor metrics part of the simulation class to a separate class オープン

enhancement

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#32 · 2020年10月28日に作成
Implement Cassiopeida オープン

good first issue

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 15/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#31 · 2020年10月28日に作成
Implement mgatk オープン

難易度 4/5 3〜5日初心者へのやさしさ 30/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#30 · 2020年10月28日に作成
growth of poisson refactor オープン

todo

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#28 · 2020年10月27日に作成
account for mt_pos being a list not an int オープン

todo

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#25 · 2020年10月27日に作成
Running simulation overflows RAM オープン

enhancement

LewisLabUCSD/Mito_Trace#23 · 担当者 1 名 · 2020年10月27日に作成
Simulation with new MT mutants オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#22 · 2020年10月27日に作成
Writeup for Simulation オープン

documentation

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#21 · 2020年10月27日に作成
Kmeans Clustering simulation results オープン

todo

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#20 · コメント 1 件 · 2020年10月27日に作成
Simulation Run オープン

Epic

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#19 · 2020年10月27日に作成
account for mt_pos being a list not an int オープン

todo

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#15 · 2020年10月26日に作成
Add the MT clone map that can contain multiple mutants in lineages オープン

todo

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#6 · 2020年10月21日に作成
Fuc(1) is not in Fuc(2) オープン

LewisLabUCSD/GlyCompare#13 · 担当者 1 名 · 2020年9月3日に作成
File experimental_constraints.mat missing オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 35/100

LewisLabUCSD/MammalianSecretoryRecon#1 · 2020年6月12日に作成
From bam to UMIs and cell filter オープン

難易度 5/5 1週間以上初心者へのやさしさ 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#1 · コメント 1 件 · 2020年2月4日に作成
What's the difference between a root and a core? If they are the same, then couldn't it be better if core was changed to root? オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 25/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#8 · コメント 2 件 · 2019年8月19日に作成
```complex``` and ```simple``` are the same variable, unify nomenclature オープン

難易度 2/5 1〜3時間初心者へのやさしさ 55/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#7 · 2019年7月9日に作成
Plotting functionality オープン

難易度 3/5 1〜2日初心者へのやさしさ 35/100

LewisLabUCSD/StanDep#11 · 2019年5月1日に作成
TODO: add context variables オープン

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#3 · 担当者 1 名 · 2016年10月24日に作成
TODO: generalize stepwise_multivariate_model_selection オープン

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#2 · 担当者 1 名 · 2016年10月24日に作成
TODO: impliment many_to_few オープン

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#1 · 担当者 1 名 · 2016年10月24日に作成

LewisLabUCSD

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