Proprietario

LewisLabUCSD

9 repository indicizzati · Vedi su GitHub

Ligand-Receptor-Pairs
Compendium of available lists of ligand-receptor pairs and surface-secreted protein interactions.

155 stelle
MammalianSecretoryRecon
Secretory Pathway Reconstruction for Human, CHO, and Mouse

Jupyter Notebook · 12 stelle
PinAPL-Py
A no hassle tool for analyzing your favorite CRISPR screen dataset!

Python · 11 stelle
GlyCompare
Comparing glycoprofiles, leveraging motif substructure arithmetic

Jupyter Notebook · 10 stelle
StanDep
Code for StanDep Paper

MATLAB · 5 stelle
RegressionModelPipeline
Pipeline for feature selection, interaction assessment, regression modeling and prediction assessment for 1-1000s of features

R · 4 stelle
GlyCompareCT
glyCompare command line tool

Python · 3 stelle
iGSEA
Wrap code for runing GSEA analysis

R · 2 stelle
Mito_Trace
Tracking cell-lineage using mutations in the mitochondrion genome.

Jupyter Notebook · 0 stelle

Adatte ai principianti Tutto

Aperta Tutte

Issues with running example data sets Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

LewisLabUCSD/GlyCompareCT#3 · 1 commento · Aperta il 3/5/2024
Problem with opening a file Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 20/100

LewisLabUCSD/Ligand-Receptor-Pairs#2 · 4 commenti · Aperta il 19/2/2024
Mistake of the files Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

LewisLabUCSD/Ligand-Receptor-Pairs#1 · 1 commento · Aperta il 10/7/2023
How to install ”iGSEA“ in Rstudio? Aperta

Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 30/100

LewisLabUCSD/iGSEA#2 · Aperta il 16/10/2022
How do I run these scripts on Linux? The Web-application is not working. Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

LewisLabUCSD/PinAPL-Py#2 · 2 commenti · Aperta il 29/3/2022
Missing file for the Quick Example run Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#16 · 1 commento · Aperta il 3/1/2022
growth of poisson refactor Aperta

todo

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#49 · Aperta il 25/5/2021
Add the MT clone map so it can contain multiple mutants in lineages Aperta

todo

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#48 · Aperta il 25/5/2021
Add the MT clone map so it can contain multiple mutants in lineages Aperta

todo

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#46 · Aperta il 25/5/2021
account for mt_pos being a list not an int Aperta

todo

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#45 · Aperta il 25/5/2021
This should be in mro/common for general use Aperta

todo

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#44 · Aperta il 25/5/2021
account for mt_pos being a list not an int Aperta

todo

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#37 · Aperta il 10/12/2020
This should be in mro/common for general use Aperta

todo

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#36 · Aperta il 10/12/2020
This should be in mro/common for general use Aperta

todo

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 32/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#35 · Aperta il 10/12/2020
Refactor metrics part of the simulation class to a separate class Aperta

enhancement

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#32 · Aperta il 28/10/2020
Implement Cassiopeida Aperta

good first issue

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#31 · Aperta il 28/10/2020
Implement mgatk Aperta

Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 30/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#30 · Aperta il 28/10/2020
growth of poisson refactor Aperta

todo

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#28 · Aperta il 27/10/2020
account for mt_pos being a list not an int Aperta

todo

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#25 · Aperta il 27/10/2020
Running simulation overflows RAM Aperta

enhancement

LewisLabUCSD/Mito_Trace#23 · 1 assegnatario · Aperta il 27/10/2020
Simulation with new MT mutants Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#22 · Aperta il 27/10/2020
Writeup for Simulation Aperta

documentation

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#21 · Aperta il 27/10/2020
Kmeans Clustering simulation results Aperta

todo

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#20 · 1 commento · Aperta il 27/10/2020
Simulation Run Aperta

Epic

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#19 · Aperta il 27/10/2020
account for mt_pos being a list not an int Aperta

todo

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#15 · Aperta il 26/10/2020
Add the MT clone map that can contain multiple mutants in lineages Aperta

todo

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#6 · Aperta il 21/10/2020
Fuc(1) is not in Fuc(2) Aperta

LewisLabUCSD/GlyCompare#13 · 1 assegnatario · Aperta il 3/9/2020
File experimental_constraints.mat missing Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 35/100

LewisLabUCSD/MammalianSecretoryRecon#1 · Aperta il 12/6/2020
From bam to UMIs and cell filter Aperta

Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#1 · 1 commento · Aperta il 4/2/2020
What's the difference between a root and a core? If they are the same, then couldn't it be better if core was changed to root? Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 25/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#8 · 2 commenti · Aperta il 19/8/2019
```complex``` and ```simple``` are the same variable, unify nomenclature Aperta

Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#7 · Aperta il 9/7/2019
Plotting functionality Aperta

Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100

LewisLabUCSD/StanDep#11 · Aperta il 1/5/2019
TODO: add context variables Aperta

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#3 · 1 assegnatario · Aperta il 24/10/2016
TODO: generalize stepwise_multivariate_model_selection Aperta

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#2 · 1 assegnatario · Aperta il 24/10/2016
TODO: impliment many_to_few Aperta

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#1 · 1 assegnatario · Aperta il 24/10/2016

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