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LewisLabUCSD

9 dépôts indexés · Voir sur GitHub

Ligand-Receptor-Pairs
Compendium of available lists of ligand-receptor pairs and surface-secreted protein interactions.

155 étoiles
MammalianSecretoryRecon
Secretory Pathway Reconstruction for Human, CHO, and Mouse

Jupyter Notebook · 12 étoiles
PinAPL-Py
A no hassle tool for analyzing your favorite CRISPR screen dataset!

Python · 11 étoiles
GlyCompare
Comparing glycoprofiles, leveraging motif substructure arithmetic

Jupyter Notebook · 10 étoiles
StanDep
Code for StanDep Paper

MATLAB · 5 étoiles
RegressionModelPipeline
Pipeline for feature selection, interaction assessment, regression modeling and prediction assessment for 1-1000s of features

R · 4 étoiles
GlyCompareCT
glyCompare command line tool

Python · 3 étoiles
iGSEA
Wrap code for runing GSEA analysis

R · 2 étoiles
Mito_Trace
Tracking cell-lineage using mutations in the mitochondrion genome.

Jupyter Notebook · 0 étoiles

Accessible aux débutants Tout

Ouverte Toutes

Issues with running example data sets Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

LewisLabUCSD/GlyCompareCT#3 · 1 commentaire · Ouverte le 3/5/2024
Problem with opening a file Ouverte

Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 20/100

LewisLabUCSD/Ligand-Receptor-Pairs#2 · 4 commentaires · Ouverte le 19/2/2024
Mistake of the files Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 35/100

LewisLabUCSD/Ligand-Receptor-Pairs#1 · 1 commentaire · Ouverte le 10/7/2023
How to install ”iGSEA“ in Rstudio? Ouverte

Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 30/100

LewisLabUCSD/iGSEA#2 · Ouverte le 16/10/2022
How do I run these scripts on Linux? The Web-application is not working. Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

LewisLabUCSD/PinAPL-Py#2 · 2 commentaires · Ouverte le 29/3/2022
Missing file for the Quick Example run Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#16 · 1 commentaire · Ouverte le 3/1/2022
growth of poisson refactor Ouverte

todo

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#49 · Ouverte le 25/5/2021
Add the MT clone map so it can contain multiple mutants in lineages Ouverte

todo

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#48 · Ouverte le 25/5/2021
Add the MT clone map so it can contain multiple mutants in lineages Ouverte

todo

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#46 · Ouverte le 25/5/2021
account for mt_pos being a list not an int Ouverte

todo

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#45 · Ouverte le 25/5/2021
This should be in mro/common for general use Ouverte

todo

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#44 · Ouverte le 25/5/2021
account for mt_pos being a list not an int Ouverte

todo

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#37 · Ouverte le 10/12/2020
This should be in mro/common for general use Ouverte

todo

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#36 · Ouverte le 10/12/2020
This should be in mro/common for general use Ouverte

todo

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 32/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#35 · Ouverte le 10/12/2020
Refactor metrics part of the simulation class to a separate class Ouverte

enhancement

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#32 · Ouverte le 28/10/2020
Implement Cassiopeida Ouverte

good first issue

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 15/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#31 · Ouverte le 28/10/2020
Implement mgatk Ouverte

Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 30/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#30 · Ouverte le 28/10/2020
growth of poisson refactor Ouverte

todo

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#28 · Ouverte le 27/10/2020
account for mt_pos being a list not an int Ouverte

todo

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#25 · Ouverte le 27/10/2020
Running simulation overflows RAM Ouverte

enhancement

LewisLabUCSD/Mito_Trace#23 · 1 personne assignée · Ouverte le 27/10/2020
Simulation with new MT mutants Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#22 · Ouverte le 27/10/2020
Writeup for Simulation Ouverte

documentation

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#21 · Ouverte le 27/10/2020
Kmeans Clustering simulation results Ouverte

todo

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#20 · 1 commentaire · Ouverte le 27/10/2020
Simulation Run Ouverte

Epic

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#19 · Ouverte le 27/10/2020
account for mt_pos being a list not an int Ouverte

todo

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#15 · Ouverte le 26/10/2020
Add the MT clone map that can contain multiple mutants in lineages Ouverte

todo

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#6 · Ouverte le 21/10/2020
Fuc(1) is not in Fuc(2) Ouverte

LewisLabUCSD/GlyCompare#13 · 1 personne assignée · Ouverte le 3/9/2020
File experimental_constraints.mat missing Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 35/100

LewisLabUCSD/MammalianSecretoryRecon#1 · Ouverte le 12/6/2020
From bam to UMIs and cell filter Ouverte

Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#1 · 1 commentaire · Ouverte le 4/2/2020
What's the difference between a root and a core? If they are the same, then couldn't it be better if core was changed to root? Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#8 · 2 commentaires · Ouverte le 19/8/2019
```complex``` and ```simple``` are the same variable, unify nomenclature Ouverte

Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 55/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#7 · Ouverte le 9/7/2019
Plotting functionality Ouverte

Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

LewisLabUCSD/StanDep#11 · Ouverte le 1/5/2019
TODO: add context variables Ouverte

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#3 · 1 personne assignée · Ouverte le 24/10/2016
TODO: generalize stepwise_multivariate_model_selection Ouverte

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#2 · 1 personne assignée · Ouverte le 24/10/2016
TODO: impliment many_to_few Ouverte

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#1 · 1 personne assignée · Ouverte le 24/10/2016

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