Propietario

LewisLabUCSD

9 repositorios indexados · Ver en GitHub

Ligand-Receptor-Pairs
Compendium of available lists of ligand-receptor pairs and surface-secreted protein interactions.

155 estrellas
MammalianSecretoryRecon
Secretory Pathway Reconstruction for Human, CHO, and Mouse

Jupyter Notebook · 12 estrellas
PinAPL-Py
A no hassle tool for analyzing your favorite CRISPR screen dataset!

Python · 11 estrellas
GlyCompare
Comparing glycoprofiles, leveraging motif substructure arithmetic

Jupyter Notebook · 10 estrellas
StanDep
Code for StanDep Paper

MATLAB · 5 estrellas
RegressionModelPipeline
Pipeline for feature selection, interaction assessment, regression modeling and prediction assessment for 1-1000s of features

R · 4 estrellas
GlyCompareCT
glyCompare command line tool

Python · 3 estrellas
iGSEA
Wrap code for runing GSEA analysis

R · 2 estrellas
Mito_Trace
Tracking cell-lineage using mutations in the mitochondrion genome.

Jupyter Notebook · 0 estrellas

Para principiantes Todo

Abierto Todos

Issues with running example data sets Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

LewisLabUCSD/GlyCompareCT#3 · 1 comentario · Abierto el 3/5/2024
Problem with opening a file Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 20/100

LewisLabUCSD/Ligand-Receptor-Pairs#2 · 4 comentarios · Abierto el 19/2/2024
Mistake of the files Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

LewisLabUCSD/Ligand-Receptor-Pairs#1 · 1 comentario · Abierto el 10/7/2023
How to install ”iGSEA“ in Rstudio? Abierto

Dificultad 1/5 Menos de una hora Aptitud para principiantes 30/100

LewisLabUCSD/iGSEA#2 · Abierto el 16/10/2022
How do I run these scripts on Linux? The Web-application is not working. Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

LewisLabUCSD/PinAPL-Py#2 · 2 comentarios · Abierto el 29/3/2022
Missing file for the Quick Example run Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#16 · 1 comentario · Abierto el 3/1/2022
growth of poisson refactor Abierto

todo

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#49 · Abierto el 25/5/2021
Add the MT clone map so it can contain multiple mutants in lineages Abierto

todo

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#48 · Abierto el 25/5/2021
Add the MT clone map so it can contain multiple mutants in lineages Abierto

todo

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#46 · Abierto el 25/5/2021
account for mt_pos being a list not an int Abierto

todo

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#45 · Abierto el 25/5/2021
This should be in mro/common for general use Abierto

todo

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#44 · Abierto el 25/5/2021
account for mt_pos being a list not an int Abierto

todo

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#37 · Abierto el 10/12/2020
This should be in mro/common for general use Abierto

todo

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#36 · Abierto el 10/12/2020
This should be in mro/common for general use Abierto

todo

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 32/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#35 · Abierto el 10/12/2020
Refactor metrics part of the simulation class to a separate class Abierto

enhancement

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#32 · Abierto el 28/10/2020
Implement Cassiopeida Abierto

good first issue

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 15/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#31 · Abierto el 28/10/2020
Implement mgatk Abierto

Dificultad 4/5 3-5 días Aptitud para principiantes 30/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#30 · Abierto el 28/10/2020
growth of poisson refactor Abierto

todo

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#28 · Abierto el 27/10/2020
account for mt_pos being a list not an int Abierto

todo

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 45/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#25 · Abierto el 27/10/2020
Running simulation overflows RAM Abierto

enhancement

LewisLabUCSD/Mito_Trace#23 · 1 asignado · Abierto el 27/10/2020
Simulation with new MT mutants Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#22 · Abierto el 27/10/2020
Writeup for Simulation Abierto

documentation

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#21 · Abierto el 27/10/2020
Kmeans Clustering simulation results Abierto

todo

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#20 · 1 comentario · Abierto el 27/10/2020
Simulation Run Abierto

Epic

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#19 · Abierto el 27/10/2020
account for mt_pos being a list not an int Abierto

todo

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#15 · Abierto el 26/10/2020
Add the MT clone map that can contain multiple mutants in lineages Abierto

todo

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 25/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#6 · Abierto el 21/10/2020
Fuc(1) is not in Fuc(2) Abierto

LewisLabUCSD/GlyCompare#13 · 1 asignado · Abierto el 3/9/2020
File experimental_constraints.mat missing Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 35/100

LewisLabUCSD/MammalianSecretoryRecon#1 · Abierto el 12/6/2020
From bam to UMIs and cell filter Abierto

Dificultad 5/5 Más de una semana Aptitud para principiantes 20/100

LewisLabUCSD/Mito_Trace#1 · 1 comentario · Abierto el 4/2/2020
What's the difference between a root and a core? If they are the same, then couldn't it be better if core was changed to root? Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 25/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#8 · 2 comentarios · Abierto el 19/8/2019
```complex``` and ```simple``` are the same variable, unify nomenclature Abierto

Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 55/100

LewisLabUCSD/GlyCompare#7 · Abierto el 9/7/2019
Plotting functionality Abierto

Dificultad 3/5 1-2 días Aptitud para principiantes 35/100

LewisLabUCSD/StanDep#11 · Abierto el 1/5/2019
TODO: add context variables Abierto

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#3 · 1 asignado · Abierto el 24/10/2016
TODO: generalize stepwise_multivariate_model_selection Abierto

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#2 · 1 asignado · Abierto el 24/10/2016
TODO: impliment many_to_few Abierto

LewisLabUCSD/RegressionModelPipeline#1 · 1 asignado · Abierto el 24/10/2016

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