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BioPandas

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biopandas
Working with molecular structures in pandas DataFrames

Python · スター 756 個

オープンすべて

Add function for structural alignments via least-squares fit オープン

enhancement

BioPandas/biopandas#5 · コメント 4 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Adding a SDF submodule and DataFrames オープン

enhancement

BioPandas/biopandas#7 · コメント 0 件 · リアクション 1 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Adding a function for Q-Score computation オープン

enhancement

BioPandas/biopandas#8 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Adding a function to compute the lengths and angles of the bonds in the (PDB) molecule オープン

enhancement

BioPandas/biopandas#11 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Improve RMSD function to take molecular symmetry into consideration? オープン

enhancement

BioPandas/biopandas#13 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Add/Parse Information about Secondary Structure Elements オープン

enhancement

BioPandas/biopandas#40 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Handling multi-PDB files オープン

bug enhancement

BioPandas/biopandas#50 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Renumbering residues オープン

enhancement

BioPandas/biopandas#51 · コメント 9 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Merging HETATM and ATOM entries into one DataFrame オープン

bug enhancement

BioPandas/biopandas#53 · コメント 0 件 · リアクション 1 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Mol2 files bonds オープン

enhancement

BioPandas/biopandas#54 · コメント 8 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Missing files in the PyPi tarball オープン

BioPandas/biopandas#63 · コメント 2 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
column 'line_idx' gets 'object' d_type for empty frames. オープン

BioPandas/biopandas#64 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
RMSD calculation for whole PDBs オープン

enhancement

BioPandas/biopandas#69 · コメント 3 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Biopandas PDB output formatting leads to a ton of segments when reading with MDAnalysis: reason and my quick fix オープン

bug help wanted

BioPandas/biopandas#109 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Using SIFTS data for renumbering residues to match the Uniprot sequence resids オープン

BioPandas/biopandas#110 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
[Refactor] Reduce code duplication by using abstract base classes オープン

enhancement help wanted

BioPandas/biopandas#117 · コメント 0 件 · リアクション 1 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Unable to export PDB DFs with model_id columns オープン

BioPandas/biopandas#124 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
SettingWithCopyWarning オープン

BioPandas/biopandas#127 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
read_pdb_from_list() not containing newlines オープン

BioPandas/biopandas#130 · コメント 0 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
[RFC] Enabling Cython-based PDB parser backend for speed improvements オープン

BioPandas/biopandas#139 · コメント 6 件 · リアクション 1 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引
Adding possibility for a collection of structures オープン

BioPandas/biopandas#142 · コメント 1 件 · リアクション 0 件 · 担当者 0 名 · 2026年9月14日に索引

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