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biopandas
Working with molecular structures in pandas DataFrames

Python · 756 étoiles

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Add function for structural alignments via least-squares fit Ouverte

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BioPandas/biopandas#5 · 4 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Adding a SDF submodule and DataFrames Ouverte

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BioPandas/biopandas#7 · 0 commentaires · 1 réaction · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Adding a function for Q-Score computation Ouverte

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BioPandas/biopandas#8 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Adding a function to compute the lengths and angles of the bonds in the (PDB) molecule Ouverte

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BioPandas/biopandas#11 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Improve RMSD function to take molecular symmetry into consideration? Ouverte

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BioPandas/biopandas#13 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Add/Parse Information about Secondary Structure Elements Ouverte

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BioPandas/biopandas#40 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Handling multi-PDB files Ouverte

bug enhancement

BioPandas/biopandas#50 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Renumbering residues Ouverte

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BioPandas/biopandas#51 · 9 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Merging HETATM and ATOM entries into one DataFrame Ouverte

bug enhancement

BioPandas/biopandas#53 · 0 commentaires · 1 réaction · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Mol2 files bonds Ouverte

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BioPandas/biopandas#54 · 8 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Missing files in the PyPi tarball Ouverte

BioPandas/biopandas#63 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
column 'line_idx' gets 'object' d_type for empty frames. Ouverte

BioPandas/biopandas#64 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
RMSD calculation for whole PDBs Ouverte

enhancement

BioPandas/biopandas#69 · 3 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Biopandas PDB output formatting leads to a ton of segments when reading with MDAnalysis: reason and my quick fix Ouverte

bug help wanted

BioPandas/biopandas#109 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Using SIFTS data for renumbering residues to match the Uniprot sequence resids Ouverte

BioPandas/biopandas#110 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
[Refactor] Reduce code duplication by using abstract base classes Ouverte

enhancement help wanted

BioPandas/biopandas#117 · 0 commentaires · 1 réaction · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Unable to export PDB DFs with model_id columns Ouverte

BioPandas/biopandas#124 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
SettingWithCopyWarning Ouverte

BioPandas/biopandas#127 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
read_pdb_from_list() not containing newlines Ouverte

BioPandas/biopandas#130 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
[RFC] Enabling Cython-based PDB parser backend for speed improvements Ouverte

BioPandas/biopandas#139 · 6 commentaires · 1 réaction · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026
Adding possibility for a collection of structures Ouverte

BioPandas/biopandas#142 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 14/9/2026

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