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biopandas
Working with molecular structures in pandas DataFrames

Python · 756 Sterne

Offen Alle

Add function for structural alignments via least-squares fit Offen

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BioPandas/biopandas#5 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Adding a SDF submodule and DataFrames Offen

enhancement

BioPandas/biopandas#7 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Adding a function for Q-Score computation Offen

enhancement

BioPandas/biopandas#8 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Adding a function to compute the lengths and angles of the bonds in the (PDB) molecule Offen

enhancement

BioPandas/biopandas#11 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Improve RMSD function to take molecular symmetry into consideration? Offen

enhancement

BioPandas/biopandas#13 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Add/Parse Information about Secondary Structure Elements Offen

enhancement

BioPandas/biopandas#40 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Handling multi-PDB files Offen

bug enhancement

BioPandas/biopandas#50 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Renumbering residues Offen

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BioPandas/biopandas#51 · 9 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Merging HETATM and ATOM entries into one DataFrame Offen

bug enhancement

BioPandas/biopandas#53 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Mol2 files bonds Offen

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BioPandas/biopandas#54 · 8 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Missing files in the PyPi tarball Offen

BioPandas/biopandas#63 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
column 'line_idx' gets 'object' d_type for empty frames. Offen

BioPandas/biopandas#64 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
RMSD calculation for whole PDBs Offen

enhancement

BioPandas/biopandas#69 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Biopandas PDB output formatting leads to a ton of segments when reading with MDAnalysis: reason and my quick fix Offen

bug help wanted

BioPandas/biopandas#109 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Using SIFTS data for renumbering residues to match the Uniprot sequence resids Offen

BioPandas/biopandas#110 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
[Refactor] Reduce code duplication by using abstract base classes Offen

enhancement help wanted

BioPandas/biopandas#117 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Unable to export PDB DFs with model_id columns Offen

BioPandas/biopandas#124 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
SettingWithCopyWarning Offen

BioPandas/biopandas#127 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
read_pdb_from_list() not containing newlines Offen

BioPandas/biopandas#130 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
[RFC] Enabling Cython-based PDB parser backend for speed improvements Offen

BioPandas/biopandas#139 · 6 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026
Adding possibility for a collection of structures Offen

BioPandas/biopandas#142 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 14.9.2026

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