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BioPandas

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biopandas
Working with molecular structures in pandas DataFrames

Python · 756 stelle

Aperta Tutte

Add function for structural alignments via least-squares fit Aperta

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BioPandas/biopandas#5 · 4 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Adding a SDF submodule and DataFrames Aperta

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BioPandas/biopandas#7 · 0 commenti · 1 reazione · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Adding a function for Q-Score computation Aperta

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BioPandas/biopandas#8 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Adding a function to compute the lengths and angles of the bonds in the (PDB) molecule Aperta

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BioPandas/biopandas#11 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Improve RMSD function to take molecular symmetry into consideration? Aperta

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BioPandas/biopandas#13 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Add/Parse Information about Secondary Structure Elements Aperta

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BioPandas/biopandas#40 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Handling multi-PDB files Aperta

bug enhancement

BioPandas/biopandas#50 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Renumbering residues Aperta

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BioPandas/biopandas#51 · 9 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Merging HETATM and ATOM entries into one DataFrame Aperta

bug enhancement

BioPandas/biopandas#53 · 0 commenti · 1 reazione · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Mol2 files bonds Aperta

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BioPandas/biopandas#54 · 8 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Missing files in the PyPi tarball Aperta

BioPandas/biopandas#63 · 2 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
column 'line_idx' gets 'object' d_type for empty frames. Aperta

BioPandas/biopandas#64 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
RMSD calculation for whole PDBs Aperta

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BioPandas/biopandas#69 · 3 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Biopandas PDB output formatting leads to a ton of segments when reading with MDAnalysis: reason and my quick fix Aperta

bug help wanted

BioPandas/biopandas#109 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Using SIFTS data for renumbering residues to match the Uniprot sequence resids Aperta

BioPandas/biopandas#110 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
[Refactor] Reduce code duplication by using abstract base classes Aperta

enhancement help wanted

BioPandas/biopandas#117 · 0 commenti · 1 reazione · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Unable to export PDB DFs with model_id columns Aperta

BioPandas/biopandas#124 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
SettingWithCopyWarning Aperta

BioPandas/biopandas#127 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
read_pdb_from_list() not containing newlines Aperta

BioPandas/biopandas#130 · 0 commenti · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
[RFC] Enabling Cython-based PDB parser backend for speed improvements Aperta

BioPandas/biopandas#139 · 6 commenti · 1 reazione · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026
Adding possibility for a collection of structures Aperta

BioPandas/biopandas#142 · 1 commento · 0 reazioni · 0 assegnatari · Indicizzata il 14/9/2026

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