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AllenCell
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vole-core
core rendering canvas and data loading services for Vol-E volume viewer
TypeScript · 106 étoiles
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agave
High quality visualization for volumetric image data
C++ · 62 étoiles
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Python · 32 étoiles
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Python · 32 étoiles
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aics-segmentation
Part 1 of Allen Cell and Structure Segmenter: classic image segmentation workflow
Jupyter Notebook · 26 étoiles
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cvapipe_analysis
Analysis of data produced by cvapipe for the variance paper
Jupyter Notebook · 24 étoiles
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Python · 24 étoiles
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napari-allencell-segmenter
A plugin that enables image segmentation provided by Allen Institute for Cell Science
Python · 20 étoiles
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segmenter_model_zoo
scripts and API for running Deep Learning models from segmenter
Jupyter Notebook · 10 étoiles
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Python · 7 étoiles
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benchmarking_representations
Benchmarking different methods for extracting unsupervised representations from images
Python · 7 étoiles
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allencell-segmenter-ml
Napari plugin for ml segmentation
Python · 5 étoiles
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endothelial-pipeline
Dynamics of ML-based morphological features indicate a shear stress-dependent bifurcation of hiPSC-derived endothelial cell states
Python · 2 étoiles
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cell-feature-explorer
Plot and explore data that is linked to images, with an embedded viewer
TypeScript · 2 étoiles
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EMT_data_analysis
This repo contains code for EMT deliverable data analysis and has dependencies associated with output from EMT_image_analysis repo.
Python · 1 étoile
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Python · 0 étoiles
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camera-alignment-core
Core algorithms for alignment of two-camera microscopy imagery
Python · 0 étoiles
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cellpack-client
Frontend interface for cellPACK
TypeScript · 0 étoiles
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cell-catalog
Cell catalog 2.0
TypeScript · 0 étoiles
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TypeScript · 0 étoiles
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Refactor pass 1 Ouverteengine enhancement segmenter UI
AllenCell/napari-allencell-segmenter#68 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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engine enhancement
AllenCell/napari-allencell-segmenter#100 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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engine enhancement needs grooming UI
AllenCell/napari-allencell-segmenter#106 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Can't save selected layer Ouvertebug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#124 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Custom workflows Ouverteengine enhancement needs grooming segmenter UI
AllenCell/napari-allencell-segmenter#127 · 3 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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engine enhancement
AllenCell/napari-allencell-segmenter#132 · 1 commentaire · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#144 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#154 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#155 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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bug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#156 · 6 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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bug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#157 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#160 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Pytests do not run Ouverte
AllenCell/napari-allencell-segmenter#161 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Add developer documentation Ouverte
AllenCell/napari-allencell-segmenter#162 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/napari-allencell-segmenter#163 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Error Saving Workflow Ouvertebug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#165 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Print centroids of ROIs Ouvertebug
AllenCell/napari-allencell-segmenter#166 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/nuc-morph-analysis#64 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Build/publish automation Ouverte
AllenCell/camera-alignment-core#22 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/camera-alignment-core#24 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/camera-alignment-core#30 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Replace AICSImageIO with BioIo Ouverte
AllenCell/camera-alignment-core#34 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Unit tests fail on main Ouverte
AllenCell/camera-alignment-core#36 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#29 · 3 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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Error in Nuclei_localization.py Ouverte
AllenCell/EMT_data_analysis#37 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#38 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#39 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#40 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenCell/EMT_data_analysis#41 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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add torch.compile to models Ouverte
AllenCell/cyto-dl#173 · 2 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenCell/cyto-dl#176 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/cyto-dl#225 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenCell/cyto-dl#374 · 15 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/cyto-dl#379 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Support python 3.12 and 3.13 Ouverte
AllenCell/cyto-dl#419 · 3 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Windows tests time out Ouverte
AllenCell/cyto-dl#422 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Add DiffAE to tests Ouverte
AllenCell/cyto-dl#466 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Add docs link to README Ouverte
AllenCell/cyto-dl#474 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Upgrade Pytorch Ouverte
AllenCell/cyto-dl#495 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/cyto-dl#507 · 4 commentaires · 0 réactions · 5 personnes assignées ·
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AllenCell/cell-feature-explorer#107 · 1 commentaire · 1 réaction · 0 personnes assignées ·
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good first issue
AllenCell/cell-feature-explorer#110 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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bug
AllenCell/cell-feature-explorer#114 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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enhancement ux
AllenCell/cell-feature-explorer#124 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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AllenCell/cell-feature-explorer#125 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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megaset card alignment styling Ouverte
AllenCell/cell-feature-explorer#126 · 3 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée ·
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AllenCell/cell-feature-explorer#134 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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ux
AllenCell/cell-feature-explorer#135 · 4 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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remove firebase type from app OuverteTech debt
AllenCell/cell-feature-explorer#139 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées ·
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Enable Zarr download Ouverteux
AllenCell/cell-feature-explorer#141 · 1 commentaire · 0 réactions · 2 personnes assignées ·