`chunks` needs to be passed to `to_multiscale` otherwise it's ignored
Chưa có ai nhận issue này.
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 394
- Fork
- 95
- Merge trung bình
- 4 ngày 3 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 7
Mô tả
Super easy fix.
Problem
The function to_multiscale(), which is called by Image2DModel and Image3DModel when scale_factors is a list, calls this code:
# IPFS and visualization friendly default chunks
if "z" in image.dims:
default_chunks = 64
else:
default_chunks = 256
default_chunks = {d: default_chunks for d in image.dims}
if "t" in image.dims:
default_chunks["t"] = 1
out_chunks = chunks
if out_chunks is None:
out_chunks = default_chunks
This means that if some chunks were already set for the data passed to the model, as in this case
# data = da.ones((3, 32768, 32768), chunks=(1, 4096, 4096))
chunks= (1, 4096, 4096)
data = RNG.random((3, 32768, 32768), chunks=chunks)
xdata = DataArray(data, dims=("c", "y", "x"))
##
im = Image2DModel.parse(
xdata,
scale_factors=[2, 2, 2],
# chunks=chunks
)
They are rechunked, unless we pass chunk explicitly to Image2DModel.parse().
Solution
If the data has already chunks, pass them to to_multiscale(). This needs to be done when the data with a Dask array or an xarray DataArray.
Hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách theo dõi to_multiscale() và các lệnh gọi của nó từ Image2DModel và Image3DModel khi scale_factors là một danh sách. Kiểm tra các đường đi của Dask-array và xarray.DataArray, sau đó xác minh rằng các chunks hiện có được truyền qua thay vì bị thay thế bằng các giá trị mặc định. Hoàn tất khi đầu vào được chunk rõ ràng vẫn giữ nguyên các chunks của nó mà không yêu cầu chunks trong Image2DModel.parse().
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- data
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 2/5
- Thời gian dự kiến
- 1-3 giờ
- Mức độ hoạt động
- Sôi nổi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức phù hợp với người mới
- 72/100