scverse / scverse/spatialdata

`chunks` needs to be passed to `to_multiscale` otherwise it's ignored

Đang mở Phù hợp với người mới
#421 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

needs: triage priority: low
Ngôn ngữ chính
Python
Star
394
Fork
95
Merge trung bình
4 ngày 3 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
7

Mô tả

Super easy fix.

Problem

The function to_multiscale(), which is called by Image2DModel and Image3DModel when scale_factors is a list, calls this code:

    # IPFS and visualization friendly default chunks
    if "z" in image.dims:
        default_chunks = 64
    else:
        default_chunks = 256
    default_chunks = {d: default_chunks for d in image.dims}
    if "t" in image.dims:
        default_chunks["t"] = 1
    out_chunks = chunks
    if out_chunks is None:
        out_chunks = default_chunks

This means that if some chunks were already set for the data passed to the model, as in this case

    # data = da.ones((3, 32768, 32768), chunks=(1, 4096, 4096))
    chunks= (1, 4096, 4096)
    data = RNG.random((3, 32768, 32768), chunks=chunks)
    xdata = DataArray(data, dims=("c", "y", "x"))

    ##
    im = Image2DModel.parse(
        xdata,
        scale_factors=[2, 2, 2],
        # chunks=chunks
    )

They are rechunked, unless we pass chunk explicitly to Image2DModel.parse().

Solution

If the data has already chunks, pass them to to_multiscale(). This needs to be done when the data with a Dask array or an xarray DataArray.

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách theo dõi to_multiscale() và các lệnh gọi của nó từ Image2DModel và Image3DModel khi scale_factors là một danh sách. Kiểm tra các đường đi của Dask-array và xarray.DataArray, sau đó xác minh rằng các chunks hiện có được truyền qua thay vì bị thay thế bằng các giá trị mặc định. Hoàn tất khi đầu vào được chunk rõ ràng vẫn giữ nguyên các chunks của nó mà không yêu cầu chunks trong Image2DModel.parse().

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
python
Lĩnh vực
data
Loại issue
Lỗi
Độ khó
2/5
Thời gian dự kiến
1-3 giờ
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
72/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.