`chunks` needs to be passed to `to_multiscale` otherwise it's ignored
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- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 394
- Fork
- 95
- Merge medio
- 4g 3h
- PR unite (30g)
- 7
Descrizione
Super easy fix.
Problem
The function to_multiscale(), which is called by Image2DModel and Image3DModel when scale_factors is a list, calls this code:
# IPFS and visualization friendly default chunks
if "z" in image.dims:
default_chunks = 64
else:
default_chunks = 256
default_chunks = {d: default_chunks for d in image.dims}
if "t" in image.dims:
default_chunks["t"] = 1
out_chunks = chunks
if out_chunks is None:
out_chunks = default_chunks
This means that if some chunks were already set for the data passed to the model, as in this case
# data = da.ones((3, 32768, 32768), chunks=(1, 4096, 4096))
chunks= (1, 4096, 4096)
data = RNG.random((3, 32768, 32768), chunks=chunks)
xdata = DataArray(data, dims=("c", "y", "x"))
##
im = Image2DModel.parse(
xdata,
scale_factors=[2, 2, 2],
# chunks=chunks
)
They are rechunked, unless we pass chunk explicitly to Image2DModel.parse().
Solution
If the data has already chunks, pass them to to_multiscale(). This needs to be done when the data with a Dask array or an xarray DataArray.
Guida per i contributori
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Come iniziare
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- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Inizia tracciando to_multiscale() e le relative chiamate da Image2DModel e Image3DModel quando scale_factors è una lista. Controlla i percorsi Dask-array e xarray.DataArray, quindi verifica che i chunks esistenti vengano mantenuti invece di essere sostituiti dai valori predefiniti. Il lavoro è completo quando un input con chunks esplicitamente definiti conserva i propri chunks senza richiedere chunks in Image2DModel.parse().
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- data
- Tipo di issue
- Bug
- Difficoltà
- 2/5
- Tempo stimato
- 1-3 ore
- Stato di attività
- Attiva
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 72/100