scverse / scverse/spatialdata

`chunks` needs to be passed to `to_multiscale` otherwise it's ignored

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needs: triage priority: low
Lingua principale
Python
Stelle
394
Fork
95
Merge medio
4g 3h
PR unite (30g)
7

Descrizione

Super easy fix.

Problem

The function to_multiscale(), which is called by Image2DModel and Image3DModel when scale_factors is a list, calls this code:

    # IPFS and visualization friendly default chunks
    if "z" in image.dims:
        default_chunks = 64
    else:
        default_chunks = 256
    default_chunks = {d: default_chunks for d in image.dims}
    if "t" in image.dims:
        default_chunks["t"] = 1
    out_chunks = chunks
    if out_chunks is None:
        out_chunks = default_chunks

This means that if some chunks were already set for the data passed to the model, as in this case

    # data = da.ones((3, 32768, 32768), chunks=(1, 4096, 4096))
    chunks= (1, 4096, 4096)
    data = RNG.random((3, 32768, 32768), chunks=chunks)
    xdata = DataArray(data, dims=("c", "y", "x"))

    ##
    im = Image2DModel.parse(
        xdata,
        scale_factors=[2, 2, 2],
        # chunks=chunks
    )

They are rechunked, unless we pass chunk explicitly to Image2DModel.parse().

Solution

If the data has already chunks, pass them to to_multiscale(). This needs to be done when the data with a Dask array or an xarray DataArray.

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia tracciando to_multiscale() e le relative chiamate da Image2DModel e Image3DModel quando scale_factors è una lista. Controlla i percorsi Dask-array e xarray.DataArray, quindi verifica che i chunks esistenti vengano mantenuti invece di essere sostituiti dai valori predefiniti. Il lavoro è completo quando un input con chunks esplicitamente definiti conserva i propri chunks senza richiedere chunks in Image2DModel.parse().

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python
Ambito
data
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Stato di attività
Attiva
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
72/100

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