`chunks` needs to be passed to `to_multiscale` otherwise it's ignored
まだ誰も着手していません。
- 主要言語
- Python
- スター
- 394
- フォーク
- 95
- 平均マージ
- 4日 3時間
- マージ済み PR(30日)
- 7
説明
Super easy fix.
Problem
The function to_multiscale(), which is called by Image2DModel and Image3DModel when scale_factors is a list, calls this code:
# IPFS and visualization friendly default chunks
if "z" in image.dims:
default_chunks = 64
else:
default_chunks = 256
default_chunks = {d: default_chunks for d in image.dims}
if "t" in image.dims:
default_chunks["t"] = 1
out_chunks = chunks
if out_chunks is None:
out_chunks = default_chunks
This means that if some chunks were already set for the data passed to the model, as in this case
# data = da.ones((3, 32768, 32768), chunks=(1, 4096, 4096))
chunks= (1, 4096, 4096)
data = RNG.random((3, 32768, 32768), chunks=chunks)
xdata = DataArray(data, dims=("c", "y", "x"))
##
im = Image2DModel.parse(
xdata,
scale_factors=[2, 2, 2],
# chunks=chunks
)
They are rechunked, unless we pass chunk explicitly to Image2DModel.parse().
Solution
If the data has already chunks, pass them to to_multiscale(). This needs to be done when the data with a Dask array or an xarray DataArray.
コントリビューションガイド
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
調査の方向性
scale_factors がリストの場合に、まず to_multiscale() と Image2DModel および Image3DModel からのその呼び出しを追跡します。Dask-array と xarray.DataArray の経路を確認し、既存の chunks がデフォルト値で置き換えられず、そのまま渡されることを検証します。Image2DModel.parse() で chunks を要求しなくても、明示的に chunk 化された入力がその chunks を保持すれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- python
- 領域
- data
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 活発さ
- 活発
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 初心者へのやさしさ
- 72/100