adding a new @classmethod to an existing class

Aberta
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Avaliação

Dificuldade
5/5
Tempo estimado
Mais de uma semana
Facilidade para iniciantes
15/100
Tipo de issue
Funcionalidade
Clareza
Precisa de esclarecimento
Status de atividade
Estagnada
Stack de tecnologia
python
Domínio
backend

Direção de pesquisa

Primeiro, verifique se esta solicitação pertence ao python-guide: o payload tem como alvo opencadd.structure.core.Structure, e não um arquivo do guia. Se estiver no escopo, leia Structure.from_pdbid e os entry points nomeados de mmtf/MMCIFParser; o trabalho estará concluído quando houver uma forma definida e testada de construir objetos Structure a partir de arquivos CIF locais.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.

Descrição

I have a python programming issue which I have not solved.

In python3, using 'from opencadd.structure.core import Structure'

defines the class Structure. The section of the Structure code that I need to modify is

@classmethod
@redo.retriable(attempts=10, sleeptime=2)
def from_pdbid(cls, pdbid):
    import mmtf

    return cls(mmtf.fetch(pdbid))

where I would like to include

# New method for CIF files
@classmethod
def from_cif(cls, filepath: str):
    """
    Create a Structure object from a local CIF file.
    """
    parser = MMCIFParser()
    structure_data = parser.get_structure("cif_file", filepath)
    # ... (processing to build Volkamer Structure object)
    return cls(atoms, residues, bonds)

This will skip trying to execute mmtf.fetch (which will timeout because pdb is no longer available for mmtf.fetch).
Instead using Structure.from_cif will avoid this issue and retrieve the file.

So far, I have not been able to do this successfully. Many blogs offer suggestions about adding a classmethod,
but I have failed and am asking for help from python exports.

Thanks in advance,
David
Fortran, R, Matlab, C, AWK, Perl, no Python

Linguagem predominante
Batchfile
Estrelas
29.8k
Forks
5.9k
Nenhum PR com merge em 30d

Guia de contribuição

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Primeiros passos

  1. Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
  2. Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
  3. Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
  4. Abra um pull request que referencie o número da issue.

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