adding a new @classmethod to an existing class

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評価

難易度
5/5
見積もり時間
1週間以上
初心者へのやさしさ
15/100
issue の種類
機能追加
明瞭さ
説明が足りない
活発さ
停滞
技術スタック
python
領域
backend

調査の方向性

まず、このリクエストが python-guide の対象かどうかを確認してください。payload はガイドファイルではなく opencadd.structure.core.Structure を対象にしています。対象範囲内であれば、Structure.from_pdbid と指定された mmtf/MMCIFParser のエントリーポイントを確認してください。完了の条件は、ローカルの CIF ファイルから Structure オブジェクトを構築する、定義済みでテスト済みの方法があることです。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

I have a python programming issue which I have not solved.

In python3, using 'from opencadd.structure.core import Structure'

defines the class Structure. The section of the Structure code that I need to modify is

@classmethod
@redo.retriable(attempts=10, sleeptime=2)
def from_pdbid(cls, pdbid):
    import mmtf

    return cls(mmtf.fetch(pdbid))

where I would like to include

# New method for CIF files
@classmethod
def from_cif(cls, filepath: str):
    """
    Create a Structure object from a local CIF file.
    """
    parser = MMCIFParser()
    structure_data = parser.get_structure("cif_file", filepath)
    # ... (processing to build Volkamer Structure object)
    return cls(atoms, residues, bonds)

This will skip trying to execute mmtf.fetch (which will timeout because pdb is no longer available for mmtf.fetch).
Instead using Structure.from_cif will avoid this issue and retrieve the file.

So far, I have not been able to do this successfully. Many blogs offer suggestions about adding a classmethod,
but I have failed and am asking for help from python exports.

Thanks in advance,
David
Fortran, R, Matlab, C, AWK, Perl, no Python

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