adding a new @classmethod to an existing class

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Évaluation

Difficulté
5/5
Temps estimé
Plus d'une semaine
Accessibilité débutants
15/100
Type d'issue
Fonctionnalité
Clarté
À clarifier
Activité
À l'abandon
Stack technique
python
Domaine
backend

Piste de recherche

Vérifiez d’abord si cette demande relève de python-guide : le payload cible opencadd.structure.core.Structure plutôt qu’un fichier du guide. Si elle entre dans le périmètre, lisez Structure.from_pdbid et les points d’entrée mmtf/MMCIFParser nommés ; le travail est terminé lorsqu’il existe une manière définie et testée de construire des objets Structure à partir de fichiers CIF locaux.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Description

I have a python programming issue which I have not solved.

In python3, using 'from opencadd.structure.core import Structure'

defines the class Structure. The section of the Structure code that I need to modify is

@classmethod
@redo.retriable(attempts=10, sleeptime=2)
def from_pdbid(cls, pdbid):
    import mmtf

    return cls(mmtf.fetch(pdbid))

where I would like to include

# New method for CIF files
@classmethod
def from_cif(cls, filepath: str):
    """
    Create a Structure object from a local CIF file.
    """
    parser = MMCIFParser()
    structure_data = parser.get_structure("cif_file", filepath)
    # ... (processing to build Volkamer Structure object)
    return cls(atoms, residues, bonds)

This will skip trying to execute mmtf.fetch (which will timeout because pdb is no longer available for mmtf.fetch).
Instead using Structure.from_cif will avoid this issue and retrieve the file.

So far, I have not been able to do this successfully. Many blogs offer suggestions about adding a classmethod,
but I have failed and am asking for help from python exports.

Thanks in advance,
David
Fortran, R, Matlab, C, AWK, Perl, no Python

Langage dominant
Batchfile
Étoiles
29.8k
Forks
5.9k
Aucune PR mergée en 30 j

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