adding a new @classmethod to an existing class

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Evaluación

Dificultad
5/5
Tiempo estimado
Más de una semana
Aptitud para principiantes
15/100
Tipo de issue
Nueva funcionalidad
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
python
Área
backend

Línea de trabajo

Primero verifica si esta solicitud corresponde a python-guide: el payload está dirigido a opencadd.structure.core.Structure y no a un archivo de la guía. Si está dentro del alcance, lee Structure.from_pdbid y los puntos de entrada mmtf/MMCIFParser indicados; el trabajo estará terminado cuando exista una forma definida y probada de construir objetos Structure a partir de archivos CIF locales.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

I have a python programming issue which I have not solved.

In python3, using 'from opencadd.structure.core import Structure'

defines the class Structure. The section of the Structure code that I need to modify is

@classmethod
@redo.retriable(attempts=10, sleeptime=2)
def from_pdbid(cls, pdbid):
    import mmtf

    return cls(mmtf.fetch(pdbid))

where I would like to include

# New method for CIF files
@classmethod
def from_cif(cls, filepath: str):
    """
    Create a Structure object from a local CIF file.
    """
    parser = MMCIFParser()
    structure_data = parser.get_structure("cif_file", filepath)
    # ... (processing to build Volkamer Structure object)
    return cls(atoms, residues, bonds)

This will skip trying to execute mmtf.fetch (which will timeout because pdb is no longer available for mmtf.fetch).
Instead using Structure.from_cif will avoid this issue and retrieve the file.

So far, I have not been able to do this successfully. Many blogs offer suggestions about adding a classmethod,
but I have failed and am asking for help from python exports.

Thanks in advance,
David
Fortran, R, Matlab, C, AWK, Perl, no Python

Lenguaje dominante
Batchfile
Estrellas
29.8k
Forks
5.9k
Sin PR fusionados en 30 d

Guía de contribución

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Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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