plotly / plotly/plotly.py

go.Scatter3d doesn't display a given tensor

Đang mở
#4,507 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

bug P3 sev-2
Ngôn ngữ chính
Python
Star
18.8k
Fork
2.8k
Merge trung bình
16 giờ 26 phút
Pull request đã merge (30 ngày)
21

Mô tả

Issue

While plotting an np.ndarray of type fp64, it is not displayed.
It is so funny that we could reproduce it only for one specific array.

Thigs that make the script work:

  • If we add epsilon (as in the commented line), then the pointcloud is displayed properly.
  • If we cast to fp32 it works.
  • If we add a small value (0.000000000001 for example), it works.

Things that doesn't work:

  • If we add or substract big values, like 0.4, 1 or 2, it doesn't work
  • If we substract epsilon, it doesn't work
  • if we add numbers larger than 0.000000000001, it doesnt' work even if tehy are small (0.000001 for example)

Environment

We tried this (and reproduced in at least 2 computers) with numpy 1.26.3 and plotly 5.18.0 on ubuntu 22

import numpy as np
import plotly.graph_objects as go

init = np.array(
    [
        [
            -0.063,
            -0.063,
            0.0,
        ],
        [
            -0.063,
            -0.021,
            0.0,
        ],
        [
            -0.063,
            0.021,
            0.0,
        ],
        [
            -0.063,
            0.063,
            0.0,
        ],
        [
            -0.021,
            -0.021,
            0.0,
        ],
        [
            -0.021,
            -0.063,
            0.0,
        ],
        [
            -0.021,
            0.021,
            0.0,
        ],
        [
            -0.021,
            0.063,
            0.0,
        ],
        [
            0.021,
            -0.063,
            0.0,
        ],
        [
            0.021,
            -0.021,
            0.0,
        ],
        [
            0.021,
            0.021,
            0.0,
        ],
        [
            0.021,
            0.063,
            0.0,
        ],
        [
            0.063,
            -0.063,
            0.0,
        ],
        [
            0.063,
            -0.021,
            0.0,
        ],
        [
            0.063,
            0.021,
            0.0,
        ],
        [
            0.063,
            0.063,
            0.0,
        ],
    ]
)

rot_mat = [
    [4.93038066e-32, -1.00000000e00, 2.22044605e-16],
    [2.22044605e-16, 2.22044605e-16, 1.00000000e00],
    [-1.00000000e00, 0.00000000e00, 2.22044605e-16],
]

transformed = (rot_mat @ init.T).T + np.array([0.5, 0.5, 0.5])


x, y, z = 0, 1, 2
idx = list(transformed.shape).index(3)
if idx < 0:
    raise ValueError("Array must be [X,Y,Z] x N")
elif idx == 1:
    array = transformed.transpose()

default_kwargs = dict(
    mode="markers",
    marker=dict(size=3, color="black"),
)

print(array.dtype)

# array[y]+=np.finfo(np.float64).eps
print(array.dtype)
print(array)
plot = go.Scatter3d(x=array[x], y=array[y], z=array[z], **default_kwargs)

default_kwargs = dict(
    scene=dict(
        xaxis=dict(title="X", range=[0, 2]),
        yaxis=dict(title="Y", range=[0, 2]),
        zaxis=dict(title="Z", range=[0, 2]),
    ),
)
layout = go.Layout(**default_kwargs)

fig = go.Figure(data=plot, layout=layout)

fig.show()

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Hướng nghiên cứu

Sử dụng script tái hiện được cung cấp làm điểm bắt đầu và chạy nó với numpy 1.26.3 và plotly 5.18.0 trên Ubuntu 22. So sánh mảng fp64 bị lỗi với các biến thể epsilon và fp32 hoạt động bình thường, sau đó lần theo đường dẫn kết xuất của go.Scatter3d. Hoàn tất khi đã xác định được nguyên nhân và thêm một kiểm tra hồi quy cho thấy tensor đã cho được hiển thị.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
numpy, plotly, python
Lĩnh vực
data-visualization
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
38/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.