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go.Scatter3d doesn't display a given tensor

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bug P3 sev-2
Lingua principale
Python
Stelle
18.8k
Fork
2.8k
Merge medio
16h 26m
PR unite (30g)
21

Descrizione

Issue

While plotting an np.ndarray of type fp64, it is not displayed.
It is so funny that we could reproduce it only for one specific array.

Thigs that make the script work:

  • If we add epsilon (as in the commented line), then the pointcloud is displayed properly.
  • If we cast to fp32 it works.
  • If we add a small value (0.000000000001 for example), it works.

Things that doesn't work:

  • If we add or substract big values, like 0.4, 1 or 2, it doesn't work
  • If we substract epsilon, it doesn't work
  • if we add numbers larger than 0.000000000001, it doesnt' work even if tehy are small (0.000001 for example)

Environment

We tried this (and reproduced in at least 2 computers) with numpy 1.26.3 and plotly 5.18.0 on ubuntu 22

import numpy as np
import plotly.graph_objects as go

init = np.array(
    [
        [
            -0.063,
            -0.063,
            0.0,
        ],
        [
            -0.063,
            -0.021,
            0.0,
        ],
        [
            -0.063,
            0.021,
            0.0,
        ],
        [
            -0.063,
            0.063,
            0.0,
        ],
        [
            -0.021,
            -0.021,
            0.0,
        ],
        [
            -0.021,
            -0.063,
            0.0,
        ],
        [
            -0.021,
            0.021,
            0.0,
        ],
        [
            -0.021,
            0.063,
            0.0,
        ],
        [
            0.021,
            -0.063,
            0.0,
        ],
        [
            0.021,
            -0.021,
            0.0,
        ],
        [
            0.021,
            0.021,
            0.0,
        ],
        [
            0.021,
            0.063,
            0.0,
        ],
        [
            0.063,
            -0.063,
            0.0,
        ],
        [
            0.063,
            -0.021,
            0.0,
        ],
        [
            0.063,
            0.021,
            0.0,
        ],
        [
            0.063,
            0.063,
            0.0,
        ],
    ]
)

rot_mat = [
    [4.93038066e-32, -1.00000000e00, 2.22044605e-16],
    [2.22044605e-16, 2.22044605e-16, 1.00000000e00],
    [-1.00000000e00, 0.00000000e00, 2.22044605e-16],
]

transformed = (rot_mat @ init.T).T + np.array([0.5, 0.5, 0.5])


x, y, z = 0, 1, 2
idx = list(transformed.shape).index(3)
if idx < 0:
    raise ValueError("Array must be [X,Y,Z] x N")
elif idx == 1:
    array = transformed.transpose()

default_kwargs = dict(
    mode="markers",
    marker=dict(size=3, color="black"),
)

print(array.dtype)

# array[y]+=np.finfo(np.float64).eps
print(array.dtype)
print(array)
plot = go.Scatter3d(x=array[x], y=array[y], z=array[z], **default_kwargs)

default_kwargs = dict(
    scene=dict(
        xaxis=dict(title="X", range=[0, 2]),
        yaxis=dict(title="Y", range=[0, 2]),
        zaxis=dict(title="Z", range=[0, 2]),
    ),
)
layout = go.Layout(**default_kwargs)

fig = go.Figure(data=plot, layout=layout)

fig.show()

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Usa lo script di riproduzione fornito come punto di ingresso ed eseguilo con numpy 1.26.3 e plotly 5.18.0 su Ubuntu 22. Confronta l'array fp64 che non funziona con le varianti epsilon e fp32 funzionanti, quindi traccia il percorso di rendering di go.Scatter3d. Il lavoro è completato quando viene identificata la causa e viene aggiunto un controllo di regressione che dimostri che il tensore fornito viene visualizzato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
numpy, plotly, python
Ambito
data-visualization
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
38/100

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