plotly / plotly/plotly.R

Provide more semantics around customization of the colorscale

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enhancement
主要言語
R
スター
2.7k
フォーク
641
PR マージ指標
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説明

Heatmap does not use all the colors specified in the colors argument when data passed to z value has skewed distribution. Here is a small example to illustrate the problem.

library(plotly)
library(RColorBrewer)

# create a dataframe where z has a skewed distribution
set.seed(1)
df = data.frame(x = rep(1:50, 20) , y = rep(1:20,each =50), z = rgamma(1000, 2, 0.5))

# check distribution of z 
plot_ly(data = df, x = ~z, type = "histogram")%>% 
    layout(title = "histogram of z")  

# original heatmap
# pass the column z with screwed distribution to z argument
plot_ly(data=df, x=~x, y=~y, z=~z, type="heatmap",  
        colors = "Spectral") %>% 
    layout(title = "original heatmap")

I currently work around the issue by creating a new variable according to the quantiles of the original variable, and pass it to the z argument.

# some data processing work 
# find unique quantiles of z 
quantiles = unique(quantile(df$z, seq(0,1,0.1)))

# create a dummy column z1 of discrete values using the quantiles as cut off
# the ideas is to arrage the data to subgroups of roughly the same size 
df$z1= cut(df$z, breaks =  c(quantiles[1]-1,quantiles[-1]), right = TRUE, labels = FALSE)

# check distribution of z1 
plot_ly(data = df, x = ~z1, type = "histogram")%>% 
    layout(title = "histogram of z1")

# new heatmap 
# passes the new column z1 to z argument 
plot_ly(data=df, x=~x, y=~y, z=~z1, type="heatmap",  
        # make sure hovering over displays original z
        text =~z, hoverinfo = "text", 
        # use the color palettes from RColorBrewer, 
        # or your customized colorscale
        colors = "Spectral",  
        # map the label of the colorbar back to the quantiles
        colorbar=list(tickmode="array", tickvals = 1:(length(quantiles)-1), ticktext = round(quantiles,2)[-1], title = "z")) %>% 
layout(title = "new heat map")

Here is the link to the heatmaps before and after data processing. The new heatmap picks up more colors from the "Spectral" palette to differentiate between smaller values.
https://i.stack.imgur.com/TymlR.png

I would like to see features in plotly to force heatmap use all the user specified colors.

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コントリビューションガイド

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はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

歪んだガンマ分布の z 値を使って、提供された R の heatmap の例を再現し、分位点ベースのワークアラウンドと比較します。まず heatmap の colors 引数を追跡し、指定されたすべての色を使用する場合に意図されているセマンティクスを確認します。完了条件には、歪んだ分布に対して定義された動作と、検証済みの例を含める必要があります。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
r
領域
data-visualization
issue の種類
機能追加
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
35/100

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