Provide more semantics around customization of the colorscale
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- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 2.7k
- Forks
- 641
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Descripción
Heatmap does not use all the colors specified in the colors argument when data passed to z value has skewed distribution. Here is a small example to illustrate the problem.
library(plotly)
library(RColorBrewer)
# create a dataframe where z has a skewed distribution
set.seed(1)
df = data.frame(x = rep(1:50, 20) , y = rep(1:20,each =50), z = rgamma(1000, 2, 0.5))
# check distribution of z
plot_ly(data = df, x = ~z, type = "histogram")%>%
layout(title = "histogram of z")
# original heatmap
# pass the column z with screwed distribution to z argument
plot_ly(data=df, x=~x, y=~y, z=~z, type="heatmap",
colors = "Spectral") %>%
layout(title = "original heatmap")
I currently work around the issue by creating a new variable according to the quantiles of the original variable, and pass it to the z argument.
# some data processing work
# find unique quantiles of z
quantiles = unique(quantile(df$z, seq(0,1,0.1)))
# create a dummy column z1 of discrete values using the quantiles as cut off
# the ideas is to arrage the data to subgroups of roughly the same size
df$z1= cut(df$z, breaks = c(quantiles[1]-1,quantiles[-1]), right = TRUE, labels = FALSE)
# check distribution of z1
plot_ly(data = df, x = ~z1, type = "histogram")%>%
layout(title = "histogram of z1")
# new heatmap
# passes the new column z1 to z argument
plot_ly(data=df, x=~x, y=~y, z=~z1, type="heatmap",
# make sure hovering over displays original z
text =~z, hoverinfo = "text",
# use the color palettes from RColorBrewer,
# or your customized colorscale
colors = "Spectral",
# map the label of the colorbar back to the quantiles
colorbar=list(tickmode="array", tickvals = 1:(length(quantiles)-1), ticktext = round(quantiles,2)[-1], title = "z")) %>%
layout(title = "new heat map")
Here is the link to the heatmaps before and after data processing. The new heatmap picks up more colors from the "Spectral" palette to differentiate between smaller values.
https://i.stack.imgur.com/TymlR.png
I would like to see features in plotly to force heatmap use all the user specified colors.
Thanks!
Guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Línea de trabajo
Reproducir el ejemplo de heatmap en R proporcionado con los valores z distribuidos según una gamma sesgada y compararlo con la solución alternativa basada en cuantiles. Empieza siguiendo el argumento colors de heatmap y determinando la semántica prevista para usar todos los colores especificados; el criterio de finalización debe incluir un comportamiento definido para las distribuciones sesgadas y un ejemplo verificado.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Evaluación
- Stack tecnológico
- r
- Área
- data-visualization
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Estado de actividad
- Estancado
- Claridad
- Bastante claro
- Aptitud para principiantes
- 35/100