plotly / plotly/plotly.R

Provide more semantics around customization of the colorscale

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enhancement
Lingua principale
R
Stelle
2.7k
Fork
641
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

Heatmap does not use all the colors specified in the colors argument when data passed to z value has skewed distribution. Here is a small example to illustrate the problem.

library(plotly)
library(RColorBrewer)

# create a dataframe where z has a skewed distribution
set.seed(1)
df = data.frame(x = rep(1:50, 20) , y = rep(1:20,each =50), z = rgamma(1000, 2, 0.5))

# check distribution of z 
plot_ly(data = df, x = ~z, type = "histogram")%>% 
    layout(title = "histogram of z")  

# original heatmap
# pass the column z with screwed distribution to z argument
plot_ly(data=df, x=~x, y=~y, z=~z, type="heatmap",  
        colors = "Spectral") %>% 
    layout(title = "original heatmap")

I currently work around the issue by creating a new variable according to the quantiles of the original variable, and pass it to the z argument.

# some data processing work 
# find unique quantiles of z 
quantiles = unique(quantile(df$z, seq(0,1,0.1)))

# create a dummy column z1 of discrete values using the quantiles as cut off
# the ideas is to arrage the data to subgroups of roughly the same size 
df$z1= cut(df$z, breaks =  c(quantiles[1]-1,quantiles[-1]), right = TRUE, labels = FALSE)

# check distribution of z1 
plot_ly(data = df, x = ~z1, type = "histogram")%>% 
    layout(title = "histogram of z1")

# new heatmap 
# passes the new column z1 to z argument 
plot_ly(data=df, x=~x, y=~y, z=~z1, type="heatmap",  
        # make sure hovering over displays original z
        text =~z, hoverinfo = "text", 
        # use the color palettes from RColorBrewer, 
        # or your customized colorscale
        colors = "Spectral",  
        # map the label of the colorbar back to the quantiles
        colorbar=list(tickmode="array", tickvals = 1:(length(quantiles)-1), ticktext = round(quantiles,2)[-1], title = "z")) %>% 
layout(title = "new heat map")

Here is the link to the heatmaps before and after data processing. The new heatmap picks up more colors from the "Spectral" palette to differentiate between smaller values.
https://i.stack.imgur.com/TymlR.png

I would like to see features in plotly to force heatmap use all the user specified colors.

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Riprodurre l’esempio fornito di heatmap in R con i valori z distribuiti secondo una gamma asimmetrica e confrontarlo con la soluzione alternativa basata sui quantili. Inizia tracciando l’argomento colors di heatmap e determinando la semantica prevista per l’utilizzo di tutti i colori specificati; tra i criteri di completamento devono esserci un comportamento definito per le distribuzioni asimmetriche e un esempio verificato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
r
Ambito
data-visualization
Tipo di issue
Funzionalità
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
35/100

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