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ggtree support

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主要语言
R
星标
2.7k
派生
641
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描述


Hello everyone. I wanted to plot a phylogeny tree thanks to ggtree R package. Yet, I have too many species (around 1000) and the graph is unreadable. Thus, I wanted to convert the plot into plotly format to be able to zoom in. But I got this error message (see below).

Thank you for your help !

tree = read.tree("ressources/phylogeny_tree.tree")
p <- ggtree(tree, layout = "circular") + 
  geom_tiplab(size = 2) + 
  theme_tree2()  
ggplotly(p)
5: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
  geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issues
6: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
  geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issues

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调研方向

从提供的 R 示例和 ggplotly() 入口点开始,然后追踪 geom_GeomTextGGtree 的 geom2trace.default() 警告。完成的标准是:ggtree 图能够转换为 Plotly,且不再出现未实现 geom 的警告,并保持可缩放。

由索引模型根据 Issue 内容生成。

评估

技术栈
r
领域
data-visualization
Issue 类型
功能
难度
4/5
预计耗时
3-5 天
活跃度
停滞
描述清晰度
基本清楚
新手友好度
35/100

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