plotly / plotly/plotly.R

ggtree support

Aperta
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Lingua principale
R
Stelle
2.7k
Fork
641
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione


Hello everyone. I wanted to plot a phylogeny tree thanks to ggtree R package. Yet, I have too many species (around 1000) and the graph is unreadable. Thus, I wanted to convert the plot into plotly format to be able to zoom in. But I got this error message (see below).

Thank you for your help !

tree = read.tree("ressources/phylogeny_tree.tree")
p <- ggtree(tree, layout = "circular") + 
  geom_tiplab(size = 2) + 
  theme_tree2()  
ggplotly(p)
5: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
  geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issues
6: In geom2trace.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], dots[[3L]][[1L]]) :
  geom_GeomTextGGtree() has yet to be implemented in plotly.
  If you'd like to see this geom implemented,
  Please open an issue with your example code at
  https://github.com/ropensci/plotly/issues

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia con l’esempio R fornito e il punto di ingresso ggplotly(), quindi risali all’avviso di geom2trace.default() per geom_GeomTextGGtree. Il lavoro è completato quando il grafico ggtree viene convertito in Plotly senza l’avviso relativo a un geom non implementato e rimane zoomabile.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
r
Ambito
data-visualization
Tipo di issue
Funzionalità
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
35/100

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