annotation.py:get_contained_labels (1335): pandas throws TypeError: Passing a set as an indexer is not supported. Use a list instead.

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Valutazione

Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Idoneità per principianti
45/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Specificata chiaramente
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
pandas, python
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia in annotation.py, in get_contained_labels, soprattutto nell'indicizzazione intorno alle righe 1335-1355, e ispeziona altre occorrenze di indicizzazione di label_map basata su set. Verifica il percorso di accesso alle annotazioni interessato con pandas 2.1.3 o versioni successive; il lavoro è completato quando non solleva più il TypeError dell'indicizzatore basato su set.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Using python version of libwfdb 4.1.2 which is according to pypi the latest.

Since lately when accessing the annotations i do get the error

TypeError: Passing a set as an indexer is not supported. Use a list instead.

This is caused by passing the following indexing tuple in line

index_vals = {1, 5}
# annotation.py(1355)get_contained_labels
contained_labels = label_map.loc[index_vals, :]

for now i do fix this by replacing the above line by

contained_labels = label_map.loc[list(index_vals), :]

and any further occurence.

The reason is that pandas has droped support for settype index arround version 2.1.3 which i do have currently installed.

Lingua principale
Jupyter Notebook
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