higlass / higlass/higlass-python
Tileset info not found with custom data
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 66
- Fork
- 11
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Mô tả
Hi,
I tried the example code from https://docs.higlass.io/jupyter.html#numpy-matrix.
```
import numpy as np
dim = 2000
I, J = np.indices((dim, dim))
data = (
-(J + 47) * np.sin(np.sqrt(np.abs(I / 2 + (J + 47))))
- I * np.sin(np.sqrt(np.abs(I - (J + 47))))
)
from clodius.tiles import npmatrix
from higlass.tilesets import Tileset
ts = Tileset(
tileset_info=lambda: npmatrix.tileset_info(data),
tiles=lambda tids: npmatrix.tiles_wrapper(data, tids)
)
display, server, viewconf = higlass.display([
View([
Track(track_type='top-axis', position='top'),
Track(track_type='left-axis', position='left'),
Track(track_type='heatmap',
position='center',
tileset=ts,
height=250,
options={ 'valueScaleMax': 0.5 }),
])
])
display
```
And I got this
And this is when I try `ts.tileset_info()`
Could you give me some suggestions on how to solve this?
Thank you!
Hướng dẫn đóng góp
Hướng nghiên cứu
Reproduce the NumPy matrix example from the issue and inspect the custom Tileset entry points, especially npmatrix.tileset_info(data), npmatrix.tiles_wrapper(data, tids), and ts.tileset_info(). Compare the returned tileset information with what the heatmap display expects; done means ts.tileset_info() succeeds and the example renders the custom data without the reported error.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Đánh giá
- Công nghệ
- jupyter-notebook, numpy, python
- Lĩnh vực
- data-visualization
- Loại issue
- Lỗi
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100