higlass / higlass/higlass-python

Tileset info not found with custom data

Đang mở
#183 24 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
Python
Star
66
Fork
11
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Hi,

I tried the example code from https://docs.higlass.io/jupyter.html#numpy-matrix.
```
import numpy as np

dim = 2000
I, J = np.indices((dim, dim))
data = (
-(J + 47) * np.sin(np.sqrt(np.abs(I / 2 + (J + 47))))
- I * np.sin(np.sqrt(np.abs(I - (J + 47))))
)

from clodius.tiles import npmatrix
from higlass.tilesets import Tileset

ts = Tileset(
tileset_info=lambda: npmatrix.tileset_info(data),
tiles=lambda tids: npmatrix.tiles_wrapper(data, tids)
)

display, server, viewconf = higlass.display([
View([
Track(track_type='top-axis', position='top'),
Track(track_type='left-axis', position='left'),
Track(track_type='heatmap',
position='center',
tileset=ts,
height=250,
options={ 'valueScaleMax': 0.5 }),

])
])
display
```
And I got this
tilesetinfo
And this is when I try `ts.tileset_info()`
tilesetinfo2
Could you give me some suggestions on how to solve this?
Thank you!

Hướng dẫn đóng góp

Mở hướng dẫn đóng góp

Hướng nghiên cứu

Reproduce the NumPy matrix example from the issue and inspect the custom Tileset entry points, especially npmatrix.tileset_info(data), npmatrix.tiles_wrapper(data, tids), and ts.tileset_info(). Compare the returned tileset information with what the heatmap display expects; done means ts.tileset_info() succeeds and the example renders the custom data without the reported error.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Công nghệ
jupyter-notebook, numpy, python
Lĩnh vực
data-visualization
Loại issue
Lỗi
Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức phù hợp với người mới
35/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.