higlass / higlass/higlass-python

Tileset info not found with custom data

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Langage dominant
Python
Étoiles
66
Forks
11
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

Hi,

I tried the example code from https://docs.higlass.io/jupyter.html#numpy-matrix.
```
import numpy as np

dim = 2000
I, J = np.indices((dim, dim))
data = (
-(J + 47) * np.sin(np.sqrt(np.abs(I / 2 + (J + 47))))
- I * np.sin(np.sqrt(np.abs(I - (J + 47))))
)

from clodius.tiles import npmatrix
from higlass.tilesets import Tileset

ts = Tileset(
tileset_info=lambda: npmatrix.tileset_info(data),
tiles=lambda tids: npmatrix.tiles_wrapper(data, tids)
)

display, server, viewconf = higlass.display([
View([
Track(track_type='top-axis', position='top'),
Track(track_type='left-axis', position='left'),
Track(track_type='heatmap',
position='center',
tileset=ts,
height=250,
options={ 'valueScaleMax': 0.5 }),

])
])
display
```
And I got this
tilesetinfo
And this is when I try `ts.tileset_info()`
tilesetinfo2
Could you give me some suggestions on how to solve this?
Thank you!

Guide de contribution

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Piste de recherche

Reproduce the NumPy matrix example from the issue and inspect the custom Tileset entry points, especially npmatrix.tileset_info(data), npmatrix.tiles_wrapper(data, tids), and ts.tileset_info(). Compare the returned tileset information with what the heatmap display expects; done means ts.tileset_info() succeeds and the example renders the custom data without the reported error.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Stack technique
jupyter-notebook, numpy, python
Domaine
data-visualization
Type d'issue
Bug
Difficulté
3/5
Temps estimé
1-2 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
À clarifier
Accessibilité débutants
35/100

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