Python modules should be organized according to their location in the file system

In the official implementation, Python modules are organized according to their location in the file system. If we follow this rule, it will be friendly to those migrating from then official.

ref:
- https://developers.google.com/protocol-buffers/docs/proto3#packages

ソースファイル、テスト、エントリポイントは特定されていません。まず Python モジュール生成ロジックを見つけ、現在の動作をリンク先の Protocol Buffers パッケージに関するガイダンスと比較します。期待される生成レイアウトを定義し、絞り込んだジェネレータテストで検証してください。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。