Python modules should be organized according to their location in the file system

In the official implementation, Python modules are organized according to their location in the file system. If we follow this rule, it will be friendly to those migrating from then official.

ref:
- https://developers.google.com/protocol-buffers/docs/proto3#packages

No se identifican archivos fuente, pruebas ni puntos de entrada. Empieza por localizar la lógica de generación de módulos de Python y comparar su comportamiento actual con las directrices enlazadas para paquetes de Protocol Buffers; define la estructura generada esperada y verifícala con pruebas específicas del generador.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.