common-workflow-language/cwltool

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Common Workflow Language reference implementation

星號: 376
分支: 255
開放的新手 issue: 0
已索引 issue: 451
平均合併: 2 天 7 小時
30 天內合併 PR: 12

主要語言: Python
授權條款: Apache-2.0
最近 GitHub push: 2026年9月14日
最近索引: 2026年9月15日
貢獻指南: 貢獻指南
行為準則: 行為準則
新手標籤: help wanted good first issue

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目前已索引 451 個未關閉的 Issue

Exact definition of --tmp-outdir-prefix and --tmpdir-prefix is ambiguous 未關閉

common-workflow-language/cwltool#3 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Add requirements.txt and .python-version to root 未關閉

common-workflow-language/cwltool#5 · 4 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
augment DOT/graphviz output 未關閉

common-workflow-language/cwltool#7 · 3 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
CWLtool issue with passing a list of scatter/gathered outputs into a program that accepts a list 未關閉

common-workflow-language/cwltool#17 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
CreateFileRequirement: input_dir and work_dir are the same 未關閉

common-workflow-language/cwltool#21 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Validation error... could not validate field `secondaryFiles` 未關閉

common-workflow-language/cwltool#23 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
dockerFile 未關閉

status/awaiting user response

common-workflow-language/cwltool#26 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
No copyright declared in source code 未關閉

common-workflow-language/cwltool#35 · 4 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
"No such file or directory" in very simple example 未關閉

common-workflow-language/cwltool#45 · 4 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
--update should produce yaml if given yaml 未關閉

enhancement

common-workflow-language/cwltool#51 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Symlinking input to docker on Mac links in local, not the host VM 未關閉

common-workflow-language/cwltool#55 · 4 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
`Error collecting output` for array of secondaryFiles 未關閉

common-workflow-language/cwltool#57 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
inconsistent behavior: passing file paths via command line arguments vs input job documents 未關閉

common-workflow-language/cwltool#79 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Using --cachedir option leaves output of workflow in cache instead of the directory the workflow is run 未關閉

common-workflow-language/cwltool#86 · 7 則留言 · 1 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
content-type for remote descriptors 未關閉

common-workflow-language/cwltool#98 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
output yaml instead of json 未關閉

common-workflow-language/cwltool#109 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
test false negative with SoftwareRequirement 未關閉

common-workflow-language/cwltool#120 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
InitialWorkDirRequirement `Error collecting output` when using DockerRequirement 未關閉

common-workflow-language/cwltool#126 · 4 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
--leave-tmpdir doesn't work 未關閉

common-workflow-language/cwltool#129 · 3 則留言 · 1 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
New cwltool error on basic gzip job 未關閉

common-workflow-language/cwltool#130 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月15日
Lack of OS X testing 未關閉

OSX

common-workflow-language/cwltool#138 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
document how to pass lists on the command line 未關閉

common-workflow-language/cwltool#139 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
re-think continuous deployment model 未關閉

common-workflow-language/cwltool#141 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Files in InitialWorkDir should have path in outdir 未關閉

common-workflow-language/cwltool#146 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
--tool-help silently fails if parser can't be autogenerated 未關閉

common-workflow-language/cwltool#152 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Auto-casting single item to array fails 未關閉

common-workflow-language/cwltool#171 · 5 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
transient UTF parsing errors 未關閉

common-workflow-language/cwltool#172 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
rerunning workflows with --cachedir sometimes repeats steps despite no changes to input 未關閉

common-workflow-language/cwltool#173 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
docker volume on docker-machine 未關閉

common-workflow-language/cwltool#179 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
cwltool requires type field on Process inputs contrary to the spec 未關閉

common-workflow-language/cwltool#186 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
import directives not followed in input job objects if cwl:tool is used 未關閉

bug help wanted

common-workflow-language/cwltool#188 · 0 則留言 · 1 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Problems with --cachedir and DockerRequirement 未關閉

common-workflow-language/cwltool#203 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Error with --outdir 未關閉

common-workflow-language/cwltool#205 · 7 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
attempts to write to /var/lib/cwl with docker hint but no docker installed 未關閉

bug

common-workflow-language/cwltool#213 · 21 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
add flag to ignore file formats 未關閉

common-workflow-language/cwltool#217 · 0 則留言 · 1 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
enable use inside Jupyter notebooks 未關閉

enhancement

common-workflow-language/cwltool#221 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
anonymous directory are allowed to only have a listing 未關閉

common-workflow-language/cwltool#226 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
InitialWorkDir listing with expression returning a directory: TypeError 未關閉

common-workflow-language/cwltool#227 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
cwltool does not recognize the array property 'length' in ECMAScript expressions 未關閉

common-workflow-language/cwltool#235 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
ExpressionTool cannot return one of its input files as an output 未關閉

common-workflow-language/cwltool#248 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
better error message when InitialWorkDir listing is a single entry instead of an array 未關閉

common-workflow-language/cwltool#249 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
doc_loader does not pickle correctly 未關閉

common-workflow-language/cwltool#259 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
document what --basedir does 未關閉

common-workflow-language/cwltool#278 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Unhandled exception when scattering over a Directory.listing 未關閉

common-workflow-language/cwltool#279 · 5 則留言 · 1 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
OS X + docker under hints = permission error? 未關閉

OSX

common-workflow-language/cwltool#281 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
flagging a input Directory as writable still symlinks all files, not copy 未關閉

common-workflow-language/cwltool#282 · 9 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
add additional code checks to automated testing 未關閉

common-workflow-language/cwltool#286 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
document docker layout assumptions 未關閉

common-workflow-language/cwltool#289 · 2 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 1 人 · 索引於 2026年9月15日
document that docker-in-virtualbox using shared folders doesn't work 未關閉

common-workflow-language/cwltool#290 · 0 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日
Better Error message when cwl.output.json is invalid 未關閉

help wanted

common-workflow-language/cwltool#291 · 1 則留言 · 0 個 reaction · 已指派 0 人 · 索引於 2026年9月15日

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