common-workflow-language/cwltool

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Common Workflow Language reference implementation

Estrelas: 376
Forks: 255
Issues abertas para iniciantes: 0
Issues indexadas: 451
Merge médio: 2d 7h
PRs com merge (30d): 12

Linguagem predominante: Python
Licença: Apache-2.0
Último push no GitHub: 14/9/2026
Última indexação: 15/9/2026
Guia de contribuição: Guia de contribuição
Código de conduta: Código de conduta
Labels para iniciantes: help wanted good first issue

Abertas Todas

451 issues abertas indexadas

Exact definition of --tmp-outdir-prefix and --tmpdir-prefix is ambiguous Aberta

common-workflow-language/cwltool#3 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Add requirements.txt and .python-version to root Aberta

common-workflow-language/cwltool#5 · 4 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
augment DOT/graphviz output Aberta

common-workflow-language/cwltool#7 · 3 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
CWLtool issue with passing a list of scatter/gathered outputs into a program that accepts a list Aberta

common-workflow-language/cwltool#17 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
CreateFileRequirement: input_dir and work_dir are the same Aberta

common-workflow-language/cwltool#21 · 2 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Validation error... could not validate field `secondaryFiles` Aberta

common-workflow-language/cwltool#23 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
dockerFile Aberta

status/awaiting user response

common-workflow-language/cwltool#26 · 2 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
No copyright declared in source code Aberta

common-workflow-language/cwltool#35 · 4 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
"No such file or directory" in very simple example Aberta

common-workflow-language/cwltool#45 · 4 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
--update should produce yaml if given yaml Aberta

enhancement

common-workflow-language/cwltool#51 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Symlinking input to docker on Mac links in local, not the host VM Aberta

common-workflow-language/cwltool#55 · 4 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
`Error collecting output` for array of secondaryFiles Aberta

common-workflow-language/cwltool#57 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
inconsistent behavior: passing file paths via command line arguments vs input job documents Aberta

common-workflow-language/cwltool#79 · 1 comentário · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Using --cachedir option leaves output of workflow in cache instead of the directory the workflow is run Aberta

common-workflow-language/cwltool#86 · 7 comentários · 1 reação · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
content-type for remote descriptors Aberta

common-workflow-language/cwltool#98 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
output yaml instead of json Aberta

common-workflow-language/cwltool#109 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
test false negative with SoftwareRequirement Aberta

common-workflow-language/cwltool#120 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
InitialWorkDirRequirement `Error collecting output` when using DockerRequirement Aberta

common-workflow-language/cwltool#126 · 4 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
--leave-tmpdir doesn't work Aberta

common-workflow-language/cwltool#129 · 3 comentários · 1 reação · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
New cwltool error on basic gzip job Aberta

common-workflow-language/cwltool#130 · 0 comentários · 0 reações · 1 responsável · Indexada em 15/9/2026
Lack of OS X testing Aberta

OSX

common-workflow-language/cwltool#138 · 2 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
document how to pass lists on the command line Aberta

common-workflow-language/cwltool#139 · 2 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
re-think continuous deployment model Aberta

common-workflow-language/cwltool#141 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Files in InitialWorkDir should have path in outdir Aberta

common-workflow-language/cwltool#146 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
--tool-help silently fails if parser can't be autogenerated Aberta

common-workflow-language/cwltool#152 · 1 comentário · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Auto-casting single item to array fails Aberta

common-workflow-language/cwltool#171 · 5 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
transient UTF parsing errors Aberta

common-workflow-language/cwltool#172 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
rerunning workflows with --cachedir sometimes repeats steps despite no changes to input Aberta

common-workflow-language/cwltool#173 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
docker volume on docker-machine Aberta

common-workflow-language/cwltool#179 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
cwltool requires type field on Process inputs contrary to the spec Aberta

common-workflow-language/cwltool#186 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
import directives not followed in input job objects if cwl:tool is used Aberta

bug help wanted

common-workflow-language/cwltool#188 · 0 comentários · 1 reação · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Problems with --cachedir and DockerRequirement Aberta

common-workflow-language/cwltool#203 · 1 comentário · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Error with --outdir Aberta

common-workflow-language/cwltool#205 · 7 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
attempts to write to /var/lib/cwl with docker hint but no docker installed Aberta

bug

common-workflow-language/cwltool#213 · 21 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
add flag to ignore file formats Aberta

common-workflow-language/cwltool#217 · 0 comentários · 1 reação · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
enable use inside Jupyter notebooks Aberta

enhancement

common-workflow-language/cwltool#221 · 2 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
anonymous directory are allowed to only have a listing Aberta

common-workflow-language/cwltool#226 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
InitialWorkDir listing with expression returning a directory: TypeError Aberta

common-workflow-language/cwltool#227 · 2 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
cwltool does not recognize the array property 'length' in ECMAScript expressions Aberta

common-workflow-language/cwltool#235 · 2 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
ExpressionTool cannot return one of its input files as an output Aberta

common-workflow-language/cwltool#248 · 2 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
better error message when InitialWorkDir listing is a single entry instead of an array Aberta

common-workflow-language/cwltool#249 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
doc_loader does not pickle correctly Aberta

common-workflow-language/cwltool#259 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
document what --basedir does Aberta

common-workflow-language/cwltool#278 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Unhandled exception when scattering over a Directory.listing Aberta

common-workflow-language/cwltool#279 · 5 comentários · 1 reação · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
OS X + docker under hints = permission error? Aberta

OSX

common-workflow-language/cwltool#281 · 1 comentário · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
flagging a input Directory as writable still symlinks all files, not copy Aberta

common-workflow-language/cwltool#282 · 9 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
add additional code checks to automated testing Aberta

common-workflow-language/cwltool#286 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
document docker layout assumptions Aberta

common-workflow-language/cwltool#289 · 2 comentários · 0 reações · 1 responsável · Indexada em 15/9/2026
document that docker-in-virtualbox using shared folders doesn't work Aberta

common-workflow-language/cwltool#290 · 0 comentários · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026
Better Error message when cwl.output.json is invalid Aberta

help wanted

common-workflow-language/cwltool#291 · 1 comentário · 0 reações · 0 responsáveis · Indexada em 15/9/2026

common-workflow-language/cwltool

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