common-workflow-language/cwltool

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Common Workflow Language reference implementation

Étoiles: 376
Forks: 255
Issues débutants ouvertes: 0
Issues indexées: 451
Merge moyen: 2 j 7 h
PR mergées (30 j): 12

Langage dominant: Python
Licence: Apache-2.0
Dernier push GitHub: 14/9/2026
Dernière indexation: 15/9/2026
Guide de contribution: Guide de contribution
Code de conduite: Code de conduite
Labels débutants: help wanted good first issue

Ouverte Toutes

451 issues ouvertes indexées

Exact definition of --tmp-outdir-prefix and --tmpdir-prefix is ambiguous Ouverte

common-workflow-language/cwltool#3 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Add requirements.txt and .python-version to root Ouverte

common-workflow-language/cwltool#5 · 4 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
augment DOT/graphviz output Ouverte

common-workflow-language/cwltool#7 · 3 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
CWLtool issue with passing a list of scatter/gathered outputs into a program that accepts a list Ouverte

common-workflow-language/cwltool#17 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
CreateFileRequirement: input_dir and work_dir are the same Ouverte

common-workflow-language/cwltool#21 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Validation error... could not validate field `secondaryFiles` Ouverte

common-workflow-language/cwltool#23 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
dockerFile Ouverte

status/awaiting user response

common-workflow-language/cwltool#26 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
No copyright declared in source code Ouverte

common-workflow-language/cwltool#35 · 4 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
"No such file or directory" in very simple example Ouverte

common-workflow-language/cwltool#45 · 4 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
--update should produce yaml if given yaml Ouverte

enhancement

common-workflow-language/cwltool#51 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Symlinking input to docker on Mac links in local, not the host VM Ouverte

common-workflow-language/cwltool#55 · 4 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
`Error collecting output` for array of secondaryFiles Ouverte

common-workflow-language/cwltool#57 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
inconsistent behavior: passing file paths via command line arguments vs input job documents Ouverte

common-workflow-language/cwltool#79 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Using --cachedir option leaves output of workflow in cache instead of the directory the workflow is run Ouverte

common-workflow-language/cwltool#86 · 7 commentaires · 1 réaction · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
content-type for remote descriptors Ouverte

common-workflow-language/cwltool#98 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
output yaml instead of json Ouverte

common-workflow-language/cwltool#109 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
test false negative with SoftwareRequirement Ouverte

common-workflow-language/cwltool#120 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
InitialWorkDirRequirement `Error collecting output` when using DockerRequirement Ouverte

common-workflow-language/cwltool#126 · 4 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
--leave-tmpdir doesn't work Ouverte

common-workflow-language/cwltool#129 · 3 commentaires · 1 réaction · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
New cwltool error on basic gzip job Ouverte

common-workflow-language/cwltool#130 · 0 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 15/9/2026
Lack of OS X testing Ouverte

OSX

common-workflow-language/cwltool#138 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
document how to pass lists on the command line Ouverte

common-workflow-language/cwltool#139 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
re-think continuous deployment model Ouverte

common-workflow-language/cwltool#141 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Files in InitialWorkDir should have path in outdir Ouverte

common-workflow-language/cwltool#146 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
--tool-help silently fails if parser can't be autogenerated Ouverte

common-workflow-language/cwltool#152 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Auto-casting single item to array fails Ouverte

common-workflow-language/cwltool#171 · 5 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
transient UTF parsing errors Ouverte

common-workflow-language/cwltool#172 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
rerunning workflows with --cachedir sometimes repeats steps despite no changes to input Ouverte

common-workflow-language/cwltool#173 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
docker volume on docker-machine Ouverte

common-workflow-language/cwltool#179 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
cwltool requires type field on Process inputs contrary to the spec Ouverte

common-workflow-language/cwltool#186 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
import directives not followed in input job objects if cwl:tool is used Ouverte

bug help wanted

common-workflow-language/cwltool#188 · 0 commentaires · 1 réaction · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Problems with --cachedir and DockerRequirement Ouverte

common-workflow-language/cwltool#203 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Error with --outdir Ouverte

common-workflow-language/cwltool#205 · 7 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
attempts to write to /var/lib/cwl with docker hint but no docker installed Ouverte

bug

common-workflow-language/cwltool#213 · 21 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
add flag to ignore file formats Ouverte

common-workflow-language/cwltool#217 · 0 commentaires · 1 réaction · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
enable use inside Jupyter notebooks Ouverte

enhancement

common-workflow-language/cwltool#221 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
anonymous directory are allowed to only have a listing Ouverte

common-workflow-language/cwltool#226 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
InitialWorkDir listing with expression returning a directory: TypeError Ouverte

common-workflow-language/cwltool#227 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
cwltool does not recognize the array property 'length' in ECMAScript expressions Ouverte

common-workflow-language/cwltool#235 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
ExpressionTool cannot return one of its input files as an output Ouverte

common-workflow-language/cwltool#248 · 2 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
better error message when InitialWorkDir listing is a single entry instead of an array Ouverte

common-workflow-language/cwltool#249 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
doc_loader does not pickle correctly Ouverte

common-workflow-language/cwltool#259 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
document what --basedir does Ouverte

common-workflow-language/cwltool#278 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Unhandled exception when scattering over a Directory.listing Ouverte

common-workflow-language/cwltool#279 · 5 commentaires · 1 réaction · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
OS X + docker under hints = permission error? Ouverte

OSX

common-workflow-language/cwltool#281 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
flagging a input Directory as writable still symlinks all files, not copy Ouverte

common-workflow-language/cwltool#282 · 9 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
add additional code checks to automated testing Ouverte

common-workflow-language/cwltool#286 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
document docker layout assumptions Ouverte

common-workflow-language/cwltool#289 · 2 commentaires · 0 réactions · 1 personne assignée · Indexée le 15/9/2026
document that docker-in-virtualbox using shared folders doesn't work Ouverte

common-workflow-language/cwltool#290 · 0 commentaires · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026
Better Error message when cwl.output.json is invalid Ouverte

help wanted

common-workflow-language/cwltool#291 · 1 commentaire · 0 réactions · 0 personnes assignées · Indexée le 15/9/2026

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