common-workflow-language/cwltool

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Common Workflow Language reference implementation

Sterne: 376
Forks: 255
Offene Anfänger-Issues: 0
Indexierte Issues: 451
Ø Merge: 2 T. 7 Std.
Gemergte PRs (30 T.): 12

Vorherrschende Sprache: Python
Lizenz: Apache-2.0
Letzter GitHub-Push: 14.9.2026
Zuletzt indexiert: 15.9.2026
Beitragsleitfaden: Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: help wanted good first issue

Offen Alle

Bisher 451 offene Issues indexiert

Exact definition of --tmp-outdir-prefix and --tmpdir-prefix is ambiguous Offen

common-workflow-language/cwltool#3 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Add requirements.txt and .python-version to root Offen

common-workflow-language/cwltool#5 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
augment DOT/graphviz output Offen

common-workflow-language/cwltool#7 · 3 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
CWLtool issue with passing a list of scatter/gathered outputs into a program that accepts a list Offen

common-workflow-language/cwltool#17 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
CreateFileRequirement: input_dir and work_dir are the same Offen

common-workflow-language/cwltool#21 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Validation error... could not validate field `secondaryFiles` Offen

common-workflow-language/cwltool#23 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
dockerFile Offen

status/awaiting user response

common-workflow-language/cwltool#26 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
No copyright declared in source code Offen

common-workflow-language/cwltool#35 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
"No such file or directory" in very simple example Offen

common-workflow-language/cwltool#45 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
--update should produce yaml if given yaml Offen

enhancement

common-workflow-language/cwltool#51 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Symlinking input to docker on Mac links in local, not the host VM Offen

common-workflow-language/cwltool#55 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
`Error collecting output` for array of secondaryFiles Offen

common-workflow-language/cwltool#57 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
inconsistent behavior: passing file paths via command line arguments vs input job documents Offen

common-workflow-language/cwltool#79 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Using --cachedir option leaves output of workflow in cache instead of the directory the workflow is run Offen

common-workflow-language/cwltool#86 · 7 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
content-type for remote descriptors Offen

common-workflow-language/cwltool#98 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
output yaml instead of json Offen

common-workflow-language/cwltool#109 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
test false negative with SoftwareRequirement Offen

common-workflow-language/cwltool#120 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
InitialWorkDirRequirement `Error collecting output` when using DockerRequirement Offen

common-workflow-language/cwltool#126 · 4 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
--leave-tmpdir doesn't work Offen

common-workflow-language/cwltool#129 · 3 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
New cwltool error on basic gzip job Offen

common-workflow-language/cwltool#130 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 15.9.2026
Lack of OS X testing Offen

OSX

common-workflow-language/cwltool#138 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
document how to pass lists on the command line Offen

common-workflow-language/cwltool#139 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
re-think continuous deployment model Offen

common-workflow-language/cwltool#141 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Files in InitialWorkDir should have path in outdir Offen

common-workflow-language/cwltool#146 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
--tool-help silently fails if parser can't be autogenerated Offen

common-workflow-language/cwltool#152 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Auto-casting single item to array fails Offen

common-workflow-language/cwltool#171 · 5 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
transient UTF parsing errors Offen

common-workflow-language/cwltool#172 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
rerunning workflows with --cachedir sometimes repeats steps despite no changes to input Offen

common-workflow-language/cwltool#173 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
docker volume on docker-machine Offen

common-workflow-language/cwltool#179 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
cwltool requires type field on Process inputs contrary to the spec Offen

common-workflow-language/cwltool#186 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
import directives not followed in input job objects if cwl:tool is used Offen

bug help wanted

common-workflow-language/cwltool#188 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Problems with --cachedir and DockerRequirement Offen

common-workflow-language/cwltool#203 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Error with --outdir Offen

common-workflow-language/cwltool#205 · 7 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
attempts to write to /var/lib/cwl with docker hint but no docker installed Offen

bug

common-workflow-language/cwltool#213 · 21 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
add flag to ignore file formats Offen

common-workflow-language/cwltool#217 · 0 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
enable use inside Jupyter notebooks Offen

enhancement

common-workflow-language/cwltool#221 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
anonymous directory are allowed to only have a listing Offen

common-workflow-language/cwltool#226 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
InitialWorkDir listing with expression returning a directory: TypeError Offen

common-workflow-language/cwltool#227 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
cwltool does not recognize the array property 'length' in ECMAScript expressions Offen

common-workflow-language/cwltool#235 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
ExpressionTool cannot return one of its input files as an output Offen

common-workflow-language/cwltool#248 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
better error message when InitialWorkDir listing is a single entry instead of an array Offen

common-workflow-language/cwltool#249 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
doc_loader does not pickle correctly Offen

common-workflow-language/cwltool#259 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
document what --basedir does Offen

common-workflow-language/cwltool#278 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Unhandled exception when scattering over a Directory.listing Offen

common-workflow-language/cwltool#279 · 5 Kommentare · 1 Reaktion · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
OS X + docker under hints = permission error? Offen

OSX

common-workflow-language/cwltool#281 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
flagging a input Directory as writable still symlinks all files, not copy Offen

common-workflow-language/cwltool#282 · 9 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
add additional code checks to automated testing Offen

common-workflow-language/cwltool#286 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
document docker layout assumptions Offen

common-workflow-language/cwltool#289 · 2 Kommentare · 0 Reaktionen · 1 zugewiesene Person · Indexiert am 15.9.2026
document that docker-in-virtualbox using shared folders doesn't work Offen

common-workflow-language/cwltool#290 · 0 Kommentare · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026
Better Error message when cwl.output.json is invalid Offen

help wanted

common-workflow-language/cwltool#291 · 1 Kommentar · 0 Reaktionen · 0 zugewiesene Personen · Indexiert am 15.9.2026

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