pyls cannot be initialized if I closed atom with clicking title bar last time

Ok, here is the thing. If I close atom with clicking title bar, next time, when I have to close all files, and re-open them, or I cannot connect to pyls. However if I close atom with cmd+w, then next time all files can automatically connect to pyls.

OS: mac OS and everything is last version.

ファイル、テスト、またはコードのエントリーポイントは指定されていません。タイトルバーからの場合と cmd+w の場合で Atom を終了して macOS の動作を再現し、その後 pyls の初期化と再接続を追跡します。両方の経路で再度開いた後にファイルが pyls に接続されれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。