[Java] Do not publish modules based on filenames

### Describe the bug, including details regarding any error messages, version, and platform.

Arrow Java should not publish modules based on filenames. Flatbuffers/Protobuf can probably be shaded to avoid this. We can potentially remove usage of jsr305 in favor of another library.

```
[WARNING] * Required filename-based automodules detected: [flatbuffers-java-24.3.25.jar, jsr305-3.0.2.jar, protobuf-java-3.25.1.jar, protobuf-java-util-3.25.1.jar]. Please don't publish this project to a public artifact repository! *
```

- [x] https://github.com/apache/arrow/issues/43396
- [x] https://github.com/apache/arrow/issues/43437
- [x] https://github.com/google/flatbuffers/issues/8348

### Component(s)

Java

Bắt đầu bằng việc kiểm tra cấu hình publishing của Java và cách flatbuffers, protobuf và jsr305 được đưa vào các artifact đã publish. Tái hiện filename-based automodule warning bằng lệnh build hoặc publication của dự án. Hoàn thành khi các module đã publish không còn phụ thuộc vào filename-based automatic modules mà vẫn giữ được chức năng bắt buộc.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.