[Java] Do not publish modules based on filenames

### Describe the bug, including details regarding any error messages, version, and platform.

Arrow Java should not publish modules based on filenames. Flatbuffers/Protobuf can probably be shaded to avoid this. We can potentially remove usage of jsr305 in favor of another library.

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[WARNING] * Required filename-based automodules detected: [flatbuffers-java-24.3.25.jar, jsr305-3.0.2.jar, protobuf-java-3.25.1.jar, protobuf-java-util-3.25.1.jar]. Please don't publish this project to a public artifact repository! *
```

- [x] https://github.com/apache/arrow/issues/43396
- [x] https://github.com/apache/arrow/issues/43437
- [x] https://github.com/google/flatbuffers/issues/8348

### Component(s)

Java

Beginne mit der Untersuchung der Java-Publishing-Konfiguration und wie flatbuffers, protobuf und jsr305 in veröffentlichte Artefakte gelangen. Reproduziere die filename-based automodule warning mit dem Build- oder Publishing-Befehl des Projekts. Die Aufgabe ist erledigt, wenn die veröffentlichten Module nicht mehr von filename-based automatic modules abhängen und dabei die erforderliche Funktionalität erhalten bleibt.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.