[Java] Do not publish modules based on filenames

### Describe the bug, including details regarding any error messages, version, and platform.

Arrow Java should not publish modules based on filenames. Flatbuffers/Protobuf can probably be shaded to avoid this. We can potentially remove usage of jsr305 in favor of another library.

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[WARNING] * Required filename-based automodules detected: [flatbuffers-java-24.3.25.jar, jsr305-3.0.2.jar, protobuf-java-3.25.1.jar, protobuf-java-util-3.25.1.jar]. Please don't publish this project to a public artifact repository! *
```

- [x] https://github.com/apache/arrow/issues/43396
- [x] https://github.com/apache/arrow/issues/43437
- [x] https://github.com/google/flatbuffers/issues/8348

### Component(s)

Java

Comece inspecionando a configuração de publicação do Java e como flatbuffers, protobuf e jsr305 entram nos artefatos publicados. Reproduza a filename-based automodule warning com o comando de build ou publicação do projeto. Está concluído quando os módulos publicados não dependerem mais de filename-based automatic modules, mantendo a funcionalidade necessária.

Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.