a-ludi / a-ludi/dentist

MissingOutputException error

Đang mở
#25 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub
Ngôn ngữ chính
D
Star
52
Fork
6
Chỉ số merge pull request
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Mô tả

Hi,
I am using HiFi data to fill the gaps in a scaffold assembly. I get this error. I changed the latency to 15s from 5s
I am running it from a non-singularity source.
MissingOutputException in line 984 of /scratchdata/shripathi/dentist.v2.0.0.x86_64/Snakefile:
Job Missing files after 15 seconds:
workdir/assembly.assembly.las
This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait.
Job id: 13 completed successfully, but some output files are missing. 13
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Hướng nghiên cứu

Lỗi xảy ra trong Snakefile tại dòng 984, nơi tệp 'workdir/assembly.assembly.las' bị thiếu sau khi một job hoàn tất. Hãy bắt đầu bằng cách kiểm tra rule Snakemake tạo ra tệp này, đồng thời kiểm tra độ trễ của hệ thống tệp hoặc các điều kiện race. Tăng --latency-wait thêm nữa hoặc xác minh logic tạo output của job. Chạy pipeline với các cờ debugging có thể giúp xác định nguyên nhân gốc rễ.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Đánh giá

Lĩnh vực
bioinformatics
Loại issue
Lỗi
Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức phù hợp với người mới
35/100

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.