a-ludi / a-ludi/dentist

MissingOutputException error

Ouverte
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Langage dominant
D
Étoiles
52
Forks
6
Métriques de merge des PR
Aucune PR mergée en 30 j

Description

Hi,
I am using HiFi data to fill the gaps in a scaffold assembly. I get this error. I changed the latency to 15s from 5s
I am running it from a non-singularity source.
MissingOutputException in line 984 of /scratchdata/shripathi/dentist.v2.0.0.x86_64/Snakefile:
Job Missing files after 15 seconds:
workdir/assembly.assembly.las
This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait.
Job id: 13 completed successfully, but some output files are missing. 13
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

Guide de contribution

Aucun guide de contribution indexé pour ce dépôt

Piste de recherche

L’erreur se produit dans le Snakefile à la ligne 984, où le fichier 'workdir/assembly.assembly.las' est manquant après la fin d’un job. Commencez par examiner la règle Snakemake qui produit ce fichier, en recherchant une latence du système de fichiers ou des conditions de concurrence. Augmentez davantage --latency-wait ou vérifiez la logique de génération de la sortie du job. L’exécution du pipeline avec des flags de débogage peut aider à identifier la cause racine.

Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.

Évaluation

Domaine
bioinformatics
Type d'issue
Bug
Difficulté
4/5
Temps estimé
3-5 jours
Activité
À l'abandon
Clarté
Plutôt claire
Accessibilité débutants
35/100

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