a-ludi / a-ludi/dentist

MissingOutputException error

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主要言語
D
スター
52
フォーク
6
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

説明

Hi,
I am using HiFi data to fill the gaps in a scaffold assembly. I get this error. I changed the latency to 15s from 5s
I am running it from a non-singularity source.
MissingOutputException in line 984 of /scratchdata/shripathi/dentist.v2.0.0.x86_64/Snakefile:
Job Missing files after 15 seconds:
workdir/assembly.assembly.las
This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait.
Job id: 13 completed successfully, but some output files are missing. 13
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

調査の方向性

エラーはSnakefileの984行目で発生しており、ジョブの完了後にファイル 'workdir/assembly.assembly.las' が見つかりません。まず、このファイルを生成するSnakemakeルールを調べ、ファイルシステムのレイテンシや競合状態がないか確認します。--latency-wait をさらに増やすか、ジョブの出力生成ロジックを確認してください。デバッグフラグを付けてパイプラインを実行すると、根本原因の特定に役立つ場合があります。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

領域
bioinformatics
issue の種類
バグ
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
おおむね明確
初心者へのやさしさ
35/100

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