MissingOutputException error
- 主要言語
- D
- スター
- 52
- フォーク
- 6
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
説明
Hi,
I am using HiFi data to fill the gaps in a scaffold assembly. I get this error. I changed the latency to 15s from 5s
I am running it from a non-singularity source.
MissingOutputException in line 984 of /scratchdata/shripathi/dentist.v2.0.0.x86_64/Snakefile:
Job Missing files after 15 seconds:
workdir/assembly.assembly.las
This might be due to filesystem latency. If that is the case, consider to increase the wait time with --latency-wait.
Job id: 13 completed successfully, but some output files are missing. 13
Shutting down, this might take some time.
Exiting because a job execution failed. Look above for error message
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
調査の方向性
エラーはSnakefileの984行目で発生しており、ジョブの完了後にファイル 'workdir/assembly.assembly.las' が見つかりません。まず、このファイルを生成するSnakemakeルールを調べ、ファイルシステムのレイテンシや競合状態がないか確認します。--latency-wait をさらに増やすか、ジョブの出力生成ロジックを確認してください。デバッグフラグを付けてパイプラインを実行すると、根本原因の特定に役立つ場合があります。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 領域
- bioinformatics
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 初心者へのやさしさ
- 35/100