SpikeInterface/spikeinterface

Auf GitHub ansehen

A Python-based module for creating flexible and robust spike sorting pipelines.

Sterne: 847
Forks: 280
Offene Anfänger-Issues: 2
Indexierte Issues: 286
Ø Merge: 3 T. 9 Std.
Gemergte PRs (30 T.): 29

Vorherrschende Sprache: Python
Lizenz: MIT
Letzter GitHub-Push: 18.9.2026
Zuletzt indexiert: 20.9.2026
Beitragsleitfaden: Kein Beitragsleitfaden
Verhaltenskodex: Verhaltenskodex
Anfänger-Labels: Keine Anfänger-Labels indexiert

Einsteigerfreundlich Alles

Offen Alle

Bisher 286 offene Issues indexiert

GatherToNpy/Zarr could pre-allocate stores when number of spike is known Offen

performance

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4787 · Erstellt am 16.9.2026
Lets keep in mind that changing the spike dtype could break the numba kernel Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4781 · 1 Kommentar · Erstellt am 15.9.2026
DartSort: optimize strategy to retrieve `main_channel_id` from sorting Offen

performance sorters

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4777 · Erstellt am 14.9.2026
Kilosort4 is much slower when run from Spikeinterface than from Kilosort 4 GUI Offen

performance sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4768 · 2 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 08.9.2026
Extend postprocessing/metrics extensions tests for `SortingAnalyzer` with no units Offen

testing

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4756 · Erstellt am 03.9.2026
Add function to `estimate_templates_from_recording` Offen

sorters

SpikeInterface/spikeinterface#4747 · 2 zugewiesene Personen · Erstellt am 31.8.2026
bad channel detection `psd_hf_threshold` units documentation Offen

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 74/100

SpikeInterface/spikeinterface#4745 · Erstellt am 28.8.2026
Training a curation model with metrics from older version fail Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4742 · 1 Kommentar · Erstellt am 27.8.2026
Bad channel detection: widget for manual threshold determination Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4738 · Erstellt am 25.8.2026
Cleaning up units? Offen

curation question

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4726 · 2 Kommentare · Erstellt am 31.7.2026
Overview (HD-)MEA's in terms of density Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

SpikeInterface/spikeinterface#4722 · Erstellt am 30.7.2026
Tracking: Efficient Lazy/Chronic Computations in SortingAnalyzer Offen

chronic performance

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4719 · Erstellt am 28.7.2026
Add `slidingRP` optional dependency Offen

dependencies discussion metrics

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4704 · 1 Kommentar · Erstellt am 21.7.2026
Sorting simple queries should not force full data reading Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4702 · 1 Reaktion · Erstellt am 20.7.2026
`Sortinganalyzer.select_channels()`: update select_channel_extension_data for waveforms/PCA Offen

core

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 58/100

SpikeInterface/spikeinterface#4700 · Erstellt am 20.7.2026
NWBSortingExtractor: pre-populate `_cached_lexsorted_spike_vector` when building spike vector Offen

extractors performance

SpikeInterface/spikeinterface#4698 · 2 zugewiesene Personen · Erstellt am 17.7.2026
Rename `MockRecording` to `SimpleNoiseRecording` and handle : gain + pregenerated/on_the_fly. Offen

core

SpikeInterface/spikeinterface#4697 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 17.7.2026
Question: Is possible/reasonable to include "select_peaks" to run_node_pipeline? Offen

question

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4694 · 3 Kommentare · Erstellt am 17.7.2026
Sorters should set `main_channel_id` property, when available Offen

core

SpikeInterface/spikeinterface#4692 · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 14.7.2026
What should `to_reordered_spike_vector` do? Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4683 · 4 Kommentare · Erstellt am 10.7.2026
Move `sortingcomponents` out of `spikeinterface` Offen

discussion

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4669 · 5 Kommentare · Erstellt am 09.7.2026
export_to_phy vs using kilosort sorter output params.py directly Offen

exporters

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4635 · 2 Kommentare · Erstellt am 01.7.2026
Template metrics seems to assume negative polarity, causing incorrect "peak_to_trough_duration" and "halfwidth" for positive units Offen

metrics question

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4634 · 6 Kommentare · Erstellt am 01.7.2026
Extracting recording from multiwell Offen

NEO

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4625 · 6 Kommentare · Erstellt am 24.6.2026
Proposal: Add anti-aliasing option to decimate() Offen

preprocessing

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 55/100

SpikeInterface/spikeinterface#4605 · 2 Kommentare · Erstellt am 02.6.2026
Iterative Isosplit doesn't work with SpykingCircus2 Offen

sorters

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 68/100

SpikeInterface/spikeinterface#4604 · Erstellt am 02.6.2026
Question about LFP scaling and units in export_to_ibl_gui() Offen

exporters

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4603 · 1 Kommentar · Erstellt am 02.6.2026
Clarify scope of `valid_unit_periods` extension and the `periods` argument in metric extensions Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4590 · 1 Kommentar · Erstellt am 20.5.2026
Aligning waveforms across spike clusters/templates Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4582 · 1 Kommentar · Erstellt am 15.5.2026
correlograms with swapped indices are not mirrored versions of each other Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4576 · 1 Kommentar · Erstellt am 07.5.2026
Creating a sparse analyzer with multiprocessing crashes if sorting has a lot of units Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4566 · 2 Kommentare · Erstellt am 27.4.2026
Feature Request: Making order = np.argsort(device_channel_indices) optional Offen

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 52/100

SpikeInterface/spikeinterface#4565 · 11 Kommentare · Erstellt am 25.4.2026
Very large difference in sorting using SC2 vs Lupin with dense recordings Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4561 · 3 Kommentare · Erstellt am 23.4.2026
`aggregate_channels` does not re-index per-channel identifier columns Offen

bug

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 50/100

SpikeInterface/spikeinterface#4546 · 1 Kommentar · Erstellt am 21.4.2026
Remove the strategy argument from the noise generators Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4522 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 16.4.2026
Copy recording on `register_recording` to avoid shared mutation Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4519 · 2 Kommentare · Erstellt am 16.4.2026
Lupin clustering distant spikes Offen

question

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4517 · 4 Kommentare · Erstellt am 15.4.2026
Make `num_channels` available on `BaseRecordingSegment` Offen

enhancement

Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 72/100

SpikeInterface/spikeinterface#4510 · 2 Kommentare · Erstellt am 14.4.2026
Delete a failed SortingAnalyzer extension Offen

core postprocessing

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4507 · 1 Kommentar · 1 Reaktion · Erstellt am 10.4.2026
applying curaiton fails if all units were either split or deleted Offen

bug curation

SpikeInterface/spikeinterface#4501 · 2 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 09.4.2026
Duplicate spikes should be removed before SLAy refractory period penalty calculated Offen

curation

SpikeInterface/spikeinterface#4498 · 2 Kommentare · 1 zugewiesene Person · Erstellt am 07.4.2026
Monopolar triangulation for compute('unit_locations') is inconsistent with compute('spike_locations') Offen

postprocessing

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4486 · 1 Kommentar · Erstellt am 01.4.2026
Temporally correlated noise in simulations Offen

discussion enhancement generators

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4482 · 7 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 30.3.2026
Letting Lupin pass job kwargs to motion correction. Offen

sorters

Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

SpikeInterface/spikeinterface#4475 · 1 Kommentar · Erstellt am 26.3.2026
How to concatenate several neuropixels recording from SpikeGLX, especially the ap.meta, nidq.bin and nidq.meta file? Offen

question

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

SpikeInterface/spikeinterface#4444 · 4 Kommentare · Erstellt am 15.3.2026
Workflow hurdles with SpykingCircus2/Tridesclous2: SNR filtering, Probe loss, and Parameter documentation Offen

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4441 · 9 Kommentare · Erstellt am 13.3.2026
Behaviour of detect bad channels outside channel detection Offen

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

SpikeInterface/spikeinterface#4434 · 2 Kommentare · 1 Reaktion · Erstellt am 11.3.2026
Adding motion_cleaner into High-level API correct_motion Offen

motion correction

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 38/100

SpikeInterface/spikeinterface#4432 · 5 Kommentare · Erstellt am 09.3.2026
Roadmap question: deep inter-session unit matching / UnitMatch-style matching Offen

question

Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

SpikeInterface/spikeinterface#4427 · 5 Kommentare · 2 Reaktionen · Erstellt am 07.3.2026
Pick better default for mp_context Offen

io performance

Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

SpikeInterface/spikeinterface#4422 · 7 Kommentare · Erstellt am 04.3.2026

SpikeInterface/spikeinterface

Neue Issues direkt in Ihr Postfach