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num_patches_per_image missing in the default config file for swinunetr
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- 主要言語
- Jupyter Notebook
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- 2.5k
- フォーク
- 803
- 平均マージ
- 6日 22時間
- マージ済み PR(30日)
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説明
I am trying to run auto3Dseg with swinunetr backbone. I follow the toy example, however, I am getting the following error:
Traceback (most recent call last):
File "/home/z004br3h/projects/rg_segmentation/exp/pretrain_headneck_rev_3_swinunetr/swinunetr_0/scripts/train.py", line 850, in
fire.Fire()
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/fire/core.py", line 143, in Fire
component_trace = _Fire(component, args, parsed_flag_args, context, name)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/fire/core.py", line 477, in _Fire
component, remaining_args = _CallAndUpdateTrace(
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/fire/core.py", line 693, in _CallAndUpdateTrace
component = fn(*varargs, **kwargs)
File "/home/z004br3h/projects/rg_segmentation/exp/pretrain_headneck_rev_3_swinunetr/swinunetr_0/scripts/train.py", line 192, in run
train_transforms = parser.get_parsed_content("transforms_train")
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/config_parser.py", line 290, in get_parsed_content
return self.ref_resolver.get_resolved_content(id=id, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 193, in get_resolved_content
return self._resolve_one_item(id=id, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 163, in _resolve_one_item
self._resolve_one_item(id=d, waiting_list=waiting_list, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 163, in _resolve_one_item
self._resolve_one_item(id=d, waiting_list=waiting_list, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 159, in _resolve_one_item
raise ValueError(msg) from err
ValueError: the referring item @num_patches_per_image is not defined in the config content.
The variable num_patches_per_image is not defined in the default hyperparameter.yaml. Does this variable need to be set manually?
コントリビューションガイド
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
調査の方向性
swinunetr Auto3DSeg の toy example で使用されるデフォルトの hyperparameter.yaml から始め、次に設定内で @num_patches_per_image とその他の参照を検索します。設定パーサーの失敗を確認し、期待される設定の動作を特定するために、example を再現します。デフォルト設定が未定義の変数を参照しなくなり、example が transform の解析を通過すれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- python, pytorch
- 領域
- machine-learning
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 2/5
- 見積もり時間
- 1〜3時間
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 初心者へのやさしさ
- 35/100