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num_patches_per_image missing in the default config file for swinunetr

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Jupyter Notebook
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3

Beschreibung

I am trying to run auto3Dseg with swinunetr backbone. I follow the toy example, however, I am getting the following error:

Traceback (most recent call last):
File "/home/z004br3h/projects/rg_segmentation/exp/pretrain_headneck_rev_3_swinunetr/swinunetr_0/scripts/train.py", line 850, in
fire.Fire()
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/fire/core.py", line 143, in Fire
component_trace = _Fire(component, args, parsed_flag_args, context, name)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/fire/core.py", line 477, in _Fire
component, remaining_args = _CallAndUpdateTrace(
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/fire/core.py", line 693, in _CallAndUpdateTrace
component = fn(*varargs, **kwargs)
File "/home/z004br3h/projects/rg_segmentation/exp/pretrain_headneck_rev_3_swinunetr/swinunetr_0/scripts/train.py", line 192, in run
train_transforms = parser.get_parsed_content("transforms_train")
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/config_parser.py", line 290, in get_parsed_content
return self.ref_resolver.get_resolved_content(id=id, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 193, in get_resolved_content
return self._resolve_one_item(id=id, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 163, in _resolve_one_item
self._resolve_one_item(id=d, waiting_list=waiting_list, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 163, in _resolve_one_item
self._resolve_one_item(id=d, waiting_list=waiting_list, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 159, in _resolve_one_item
raise ValueError(msg) from err
ValueError: the referring item @num_patches_per_image is not defined in the config content.

The variable num_patches_per_image is not defined in the default hyperparameter.yaml. Does this variable need to be set manually?

Beitragsleitfaden

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Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Beginne mit der standardmäßigen hyperparameter.yaml, die vom swinunetr Auto3DSeg-Spielzeugbeispiel verwendet wird, und durchsuche dann die Konfiguration nach @num_patches_per_image und seinen anderen Referenzen. Führe das Beispiel erneut aus, um den Fehler des Konfigurationsparsers zu bestätigen und das erwartete Konfigurationsverhalten zu bestimmen. Erledigt ist die Aufgabe, wenn die Standardkonfiguration nicht mehr auf eine undefinierte Variable verweist und das Beispiel über das Parsen der Transforms hinaus fortschreitet.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
python, pytorch
Bereich
machine-learning
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
2/5
Geschätzter Aufwand
1-3 Stunden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Größtenteils klar
Anfängerfreundlichkeit
35/100

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