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num_patches_per_image missing in the default config file for swinunetr

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Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
2.5k
Fork
803
Merge medio
6g 22h
PR unite (30g)
3

Descrizione

I am trying to run auto3Dseg with swinunetr backbone. I follow the toy example, however, I am getting the following error:

Traceback (most recent call last):
File "/home/z004br3h/projects/rg_segmentation/exp/pretrain_headneck_rev_3_swinunetr/swinunetr_0/scripts/train.py", line 850, in
fire.Fire()
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/fire/core.py", line 143, in Fire
component_trace = _Fire(component, args, parsed_flag_args, context, name)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/fire/core.py", line 477, in _Fire
component, remaining_args = _CallAndUpdateTrace(
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/fire/core.py", line 693, in _CallAndUpdateTrace
component = fn(*varargs, **kwargs)
File "/home/z004br3h/projects/rg_segmentation/exp/pretrain_headneck_rev_3_swinunetr/swinunetr_0/scripts/train.py", line 192, in run
train_transforms = parser.get_parsed_content("transforms_train")
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/config_parser.py", line 290, in get_parsed_content
return self.ref_resolver.get_resolved_content(id=id, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 193, in get_resolved_content
return self._resolve_one_item(id=id, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 163, in _resolve_one_item
self._resolve_one_item(id=d, waiting_list=waiting_list, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 163, in _resolve_one_item
self._resolve_one_item(id=d, waiting_list=waiting_list, **kwargs)
File "/home/z004br3h/python/pyenv/pt2/lib/python3.10/site-packages/monai/bundle/reference_resolver.py", line 159, in _resolve_one_item
raise ValueError(msg) from err
ValueError: the referring item @num_patches_per_image is not defined in the config content.

The variable num_patches_per_image is not defined in the default hyperparameter.yaml. Does this variable need to be set manually?

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia con il hyperparameter.yaml predefinito utilizzato dall’esempio giocattolo swinunetr Auto3DSeg, quindi cerca @num_patches_per_image e gli altri riferimenti nella configurazione. Riproduci l’esempio per confermare il malfunzionamento del parser della configurazione e determinare il comportamento previsto della configurazione. Il lavoro è completato quando la configurazione predefinita non fa più riferimento a una variabile non definita e l’esempio supera l’analisi delle transform.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
python, pytorch
Ambito
machine-learning
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Abbastanza chiara
Idoneità per principianti
35/100

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