Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
Kernel hangs in "TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb"
オープン
まだ誰も着手していません。
- 主要言語
- Jupyter Notebook
- スター
- 2.5k
- フォーク
- 803
- 平均マージ
- 6日 22時間
- マージ済み PR(30日)
- 3
説明
Describe the bug
Kernel hangs after itkwidgets visualization in jupyter notebook
https://github.com/Project-MONAI/tutorials/blob/main/model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb
To Reproduce
- docker pull projectmonai/monai:latest
- create a new container
- run into container
pip install 'itkwidgets[notebook]>=1.0a49'
from monai.transforms import LoadImage
root_dir = "/opt/monai/workspace/Data"
data_dir = os.path.join(root_dir, "Task09_Spleen")
train_images = sorted(glob.glob(os.path.join(data_dir, "imagesTr", "*.nii.gz")))
out = LoadImage(ensure_channel_first=True)(train_images[0])
view(image=out)
Expected behavior
Kernal will not hangs after using view.
Screenshots
Additional context
- Look similar to this one:
https://github.com/InsightSoftwareConsortium/itkwidgets/issues/688 - After install
itkwidgets[notebook]>=1.0a49, look like there will be a requirement compatibility issues for pandas, not sure whether it's related the issue.
Collecting pandas>=2.0.0 (from dask-image->ngff-zarr[dask-image]>=0.4.3->itkwidgets>=1.0a49->itkwidgets[notebook]>=1.0a49)
Downloading pandas-2.2.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (19 kB)
ERROR: pip's dependency resolver does not currently take into account all the packages that are installed. This behaviour is the source of the following dependency conflicts.
cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cuda 24.2.0 requires pandas<1.6.0.dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
- After install the itkwidgets and exiting the Jupyter notebook, trying to launch the notebook again leads to a configuration error. It appears that the installation of itkwidgets is causing a disruption in the configuration settings.
コントリビューションガイド
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
調査の方向性
一覧にある Docker、Jupyter、LoadImage、view の手順を使って、model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb でハングを再現する。itkwidgets に関連する挙動を issue 688 と比較し、pandas の競合または notebook の設定エラーが関係しているか確認する。可視化後も notebook kernel が使用可能なままで、報告された設定エラーなしに再起動できれば完了とする。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
評価
- 技術スタック
- jupyter-notebook, python
- 領域
- data-visualization, devtools
- issue の種類
- バグ
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 活発さ
- 停滞
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 初心者へのやさしさ
- 25/100