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Kernel hangs in "TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb"

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主要言語
Jupyter Notebook
スター
2.5k
フォーク
803
平均マージ
6日 22時間
マージ済み PR(30日)
3

説明

Describe the bug
Kernel hangs after itkwidgets visualization in jupyter notebook
https://github.com/Project-MONAI/tutorials/blob/main/model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb

To Reproduce

  1. docker pull projectmonai/monai:latest
  2. create a new container
  3. run into container
  4. pip install 'itkwidgets[notebook]>=1.0a49'
from monai.transforms import LoadImage
root_dir = "/opt/monai/workspace/Data"
data_dir = os.path.join(root_dir, "Task09_Spleen")
train_images = sorted(glob.glob(os.path.join(data_dir, "imagesTr", "*.nii.gz")))
out = LoadImage(ensure_channel_first=True)(train_images[0])
view(image=out)

Expected behavior
Kernal will not hangs after using view.

Screenshots
Screen Shot 2024-04-17 at 15 46 44

Additional context

Collecting pandas>=2.0.0 (from dask-image->ngff-zarr[dask-image]>=0.4.3->itkwidgets>=1.0a49->itkwidgets[notebook]>=1.0a49)
  Downloading pandas-2.2.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (19 kB)
ERROR: pip's dependency resolver does not currently take into account all the packages that are installed. This behaviour is the source of the following dependency conflicts.
cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cuda 24.2.0 requires pandas<1.6.0.dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
  • After install the itkwidgets and exiting the Jupyter notebook, trying to launch the notebook again leads to a configuration error. It appears that the installation of itkwidgets is causing a disruption in the configuration settings.
Screen Shot 2024-04-17 at 15 51 33

コントリビューションガイド

コントリビューションガイドを開く

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

調査の方向性

一覧にある Docker、Jupyter、LoadImage、view の手順を使って、model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb でハングを再現する。itkwidgets に関連する挙動を issue 688 と比較し、pandas の競合または notebook の設定エラーが関係しているか確認する。可視化後も notebook kernel が使用可能なままで、報告された設定エラーなしに再起動できれば完了とする。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

評価

技術スタック
jupyter-notebook, python
領域
data-visualization, devtools
issue の種類
バグ
難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
活発さ
停滞
明瞭さ
説明が足りない
初心者へのやさしさ
25/100

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