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Kernel hangs in "TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb"

Offen
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Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
2.5k
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803
Ø Merge
6 T. 22 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
3

Beschreibung

Describe the bug
Kernel hangs after itkwidgets visualization in jupyter notebook
https://github.com/Project-MONAI/tutorials/blob/main/model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb

To Reproduce

  1. docker pull projectmonai/monai:latest
  2. create a new container
  3. run into container
  4. pip install 'itkwidgets[notebook]>=1.0a49'
from monai.transforms import LoadImage
root_dir = "/opt/monai/workspace/Data"
data_dir = os.path.join(root_dir, "Task09_Spleen")
train_images = sorted(glob.glob(os.path.join(data_dir, "imagesTr", "*.nii.gz")))
out = LoadImage(ensure_channel_first=True)(train_images[0])
view(image=out)

Expected behavior
Kernal will not hangs after using view.

Screenshots
Screen Shot 2024-04-17 at 15 46 44

Additional context

Collecting pandas>=2.0.0 (from dask-image->ngff-zarr[dask-image]>=0.4.3->itkwidgets>=1.0a49->itkwidgets[notebook]>=1.0a49)
  Downloading pandas-2.2.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (19 kB)
ERROR: pip's dependency resolver does not currently take into account all the packages that are installed. This behaviour is the source of the following dependency conflicts.
cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cuda 24.2.0 requires pandas<1.6.0.dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
  • After install the itkwidgets and exiting the Jupyter notebook, trying to launch the notebook again leads to a configuration error. It appears that the installation of itkwidgets is causing a disruption in the configuration settings.
Screen Shot 2024-04-17 at 15 51 33

Beitragsleitfaden

Beitragsleitfaden öffnen

Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Reproduziere den Hänger in model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb anhand der aufgeführten Docker-, Jupyter-, LoadImage- und view-Schritte. Vergleiche das mit itkwidgets zusammenhängende Verhalten mit Issue 688 und prüfe, ob die pandas-Konflikte oder der Notebook-Konfigurationsfehler beteiligt sind; als erledigt gilt es, wenn der Notebook-Kernel nach der Visualisierung weiterhin verwendbar ist und ohne den gemeldeten Konfigurationsfehler erneut gestartet werden kann.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
jupyter-notebook, python
Bereich
data-visualization, devtools
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
4/5
Geschätzter Aufwand
3-5 Tage
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Muss geklärt werden
Anfängerfreundlichkeit
25/100

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