Project-MONAI / Project-MONAI/tutorials
Kernel hangs in "TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb"
Dieses Issue hat noch niemand übernommen.
- Vorherrschende Sprache
- Jupyter Notebook
- Sterne
- 2.5k
- Forks
- 803
- Ø Merge
- 6 T. 22 Std.
- Gemergte PRs (30 T.)
- 3
Beschreibung
Describe the bug
Kernel hangs after itkwidgets visualization in jupyter notebook
https://github.com/Project-MONAI/tutorials/blob/main/model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb
To Reproduce
- docker pull projectmonai/monai:latest
- create a new container
- run into container
pip install 'itkwidgets[notebook]>=1.0a49'
from monai.transforms import LoadImage
root_dir = "/opt/monai/workspace/Data"
data_dir = os.path.join(root_dir, "Task09_Spleen")
train_images = sorted(glob.glob(os.path.join(data_dir, "imagesTr", "*.nii.gz")))
out = LoadImage(ensure_channel_first=True)(train_images[0])
view(image=out)
Expected behavior
Kernal will not hangs after using view.
Screenshots
Additional context
- Look similar to this one:
https://github.com/InsightSoftwareConsortium/itkwidgets/issues/688 - After install
itkwidgets[notebook]>=1.0a49, look like there will be a requirement compatibility issues for pandas, not sure whether it's related the issue.
Collecting pandas>=2.0.0 (from dask-image->ngff-zarr[dask-image]>=0.4.3->itkwidgets>=1.0a49->itkwidgets[notebook]>=1.0a49)
Downloading pandas-2.2.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (19 kB)
ERROR: pip's dependency resolver does not currently take into account all the packages that are installed. This behaviour is the source of the following dependency conflicts.
cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cuda 24.2.0 requires pandas<1.6.0.dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
- After install the itkwidgets and exiting the Jupyter notebook, trying to launch the notebook again leads to a configuration error. It appears that the installation of itkwidgets is causing a disruption in the configuration settings.
Beitragsleitfaden
Erste Schritte
- Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
- Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
- Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
- Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.
Rechercherichtung
Reproduziere den Hänger in model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb anhand der aufgeführten Docker-, Jupyter-, LoadImage- und view-Schritte. Vergleiche das mit itkwidgets zusammenhängende Verhalten mit Issue 688 und prüfe, ob die pandas-Konflikte oder der Notebook-Konfigurationsfehler beteiligt sind; als erledigt gilt es, wenn der Notebook-Kernel nach der Visualisierung weiterhin verwendbar ist und ohne den gemeldeten Konfigurationsfehler erneut gestartet werden kann.
Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.
Bewertung
- Tech-Stack
- jupyter-notebook, python
- Bereich
- data-visualization, devtools
- Issue-Typ
- Bug
- Schwierigkeit
- 4/5
- Geschätzter Aufwand
- 3-5 Tage
- Aktivitätsstatus
- Veraltet
- Klarheit
- Muss geklärt werden
- Anfängerfreundlichkeit
- 25/100