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Kernel hangs in "TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb"

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Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
2.5k
Fork
803
Merge medio
6g 22h
PR unite (30g)
3

Descrizione

Describe the bug
Kernel hangs after itkwidgets visualization in jupyter notebook
https://github.com/Project-MONAI/tutorials/blob/main/model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb

To Reproduce

  1. docker pull projectmonai/monai:latest
  2. create a new container
  3. run into container
  4. pip install 'itkwidgets[notebook]>=1.0a49'
from monai.transforms import LoadImage
root_dir = "/opt/monai/workspace/Data"
data_dir = os.path.join(root_dir, "Task09_Spleen")
train_images = sorted(glob.glob(os.path.join(data_dir, "imagesTr", "*.nii.gz")))
out = LoadImage(ensure_channel_first=True)(train_images[0])
view(image=out)

Expected behavior
Kernal will not hangs after using view.

Screenshots
Screen Shot 2024-04-17 at 15 46 44

Additional context

Collecting pandas>=2.0.0 (from dask-image->ngff-zarr[dask-image]>=0.4.3->itkwidgets>=1.0a49->itkwidgets[notebook]>=1.0a49)
  Downloading pandas-2.2.2-cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl.metadata (19 kB)
ERROR: pip's dependency resolver does not currently take into account all the packages that are installed. This behaviour is the source of the following dependency conflicts.
cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cuda 24.2.0 requires pandas<1.6.0.dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
dask-cudf 24.2.0 requires pandas<1.6.0dev0,>=1.3, but you have pandas 2.2.2 which is incompatible.
  • After install the itkwidgets and exiting the Jupyter notebook, trying to launch the notebook again leads to a configuration error. It appears that the installation of itkwidgets is causing a disruption in the configuration settings.
Screen Shot 2024-04-17 at 15 51 33

Guida per i contributori

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Riproduci il blocco in model_zoo/TCIA_PROSTATEx_Prostate_MRI_Anatomy_Model.ipynb utilizzando i passaggi elencati per Docker, Jupyter, LoadImage e view. Confronta il comportamento relativo a itkwidgets con quello dell’issue 688 e verifica se sono coinvolti i conflitti di pandas o l’errore di configurazione del notebook; il lavoro è completato quando il kernel del notebook rimane utilizzabile dopo la visualizzazione e può essere riavviato senza l’errore di configurazione segnalato.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
jupyter-notebook, python
Ambito
data-visualization, devtools
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Da chiarire
Idoneità per principianti
25/100

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