PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Visualization: if column 'XValues' not provided and multiple conditions should be plotted automatically
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visualization
- Langage dominant
- Python
- Étoiles
- 18
- Forks
- 9
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Description
If in the visualization table, the column XValues is not provided, it is inferred:
- if in measurement file measurement time is not constant, then XValues = 'time' ->plot time course
- if its constant, then dose response plots are plotted. For now, only the first column in the condition file is taken into account.
Expand to automatically plot all conditions. Ideally like subplots B and C in:
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article/file?type=supplementary&id=info:doi/10.1371/journal.pcbi.1007147.s005
see conversation in PEtab-dev/PEtab#283.
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Piste de recherche
Start with the visualization-table handling for the XValues column, then review how measurement time and the first condition-file column currently select plots. Use the PEtab-dev/PEtab#283 conversation and the linked supplementary example as context. Done means automatically plotting all conditions, including multiple dose-response subplots when XValues is absent.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Évaluation
- Stack technique
- python
- Domaine
- data-visualization
- Type d'issue
- Fonctionnalité
- Difficulté
- 4/5
- Temps estimé
- 3-5 jours
- Activité
- À l'abandon
- Clarté
- Plutôt claire
- Accessibilité débutants
- 45/100