PEtab-dev / PEtab-dev/libpetab-python
Visualization: if column 'XValues' not provided and multiple conditions should be plotted automatically
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visualization
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 18
- Fork
- 9
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Descrizione
If in the visualization table, the column XValues is not provided, it is inferred:
- if in measurement file measurement time is not constant, then XValues = 'time' ->plot time course
- if its constant, then dose response plots are plotted. For now, only the first column in the condition file is taken into account.
Expand to automatically plot all conditions. Ideally like subplots B and C in:
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article/file?type=supplementary&id=info:doi/10.1371/journal.pcbi.1007147.s005
see conversation in PEtab-dev/PEtab#283.
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Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Direzione di ricerca
Start with the visualization-table handling for the XValues column, then review how measurement time and the first condition-file column currently select plots. Use the PEtab-dev/PEtab#283 conversation and the linked supplementary example as context. Done means automatically plotting all conditions, including multiple dose-response subplots when XValues is absent.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Valutazione
- Stack tecnologico
- python
- Ambito
- data-visualization
- Tipo di issue
- Funzionalità
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Stato di attività
- Ferma
- Chiarezza
- Abbastanza chiara
- Idoneità per principianti
- 45/100