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annotation.py:get_contained_labels (1335): pandas throws TypeError: Passing a set as an indexer is not supported. Use a list instead.

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Lingua principale
Jupyter Notebook
Stelle
853
Fork
322
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Descrizione

Using python version of libwfdb 4.1.2 which is according to pypi the latest.

Since lately when accessing the annotations i do get the error

TypeError: Passing a set as an indexer is not supported. Use a list instead.

This is caused by passing the following indexing tuple in line

index_vals = {1, 5}
# annotation.py(1355)get_contained_labels
contained_labels = label_map.loc[index_vals, :]

for now i do fix this by replacing the above line by

contained_labels = label_map.loc[list(index_vals), :]

and any further occurence.

The reason is that pandas has droped support for settype index arround version 2.1.3 which i do have currently installed.

Guida per i contributori

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Direzione di ricerca

Inizia in annotation.py, in get_contained_labels, soprattutto nell'indicizzazione intorno alle righe 1335-1355, e ispeziona altre occorrenze di indicizzazione di label_map basata su set. Verifica il percorso di accesso alle annotazioni interessato con pandas 2.1.3 o versioni successive; il lavoro è completato quando non solleva più il TypeError dell'indicizzatore basato su set.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Valutazione

Stack tecnologico
pandas, python
Ambito
data
Tipo di issue
Bug
Difficoltà
2/5
Tempo stimato
1-3 ore
Stato di attività
Ferma
Chiarezza
Specificata chiaramente
Idoneità per principianti
45/100

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