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annotation.py:get_contained_labels (1335): pandas throws TypeError: Passing a set as an indexer is not supported. Use a list instead.

Offen
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Vorherrschende Sprache
Jupyter Notebook
Sterne
853
Forks
322
PR-Merge-Kennzahlen
Keine gemergten PRs in 30 T.

Beschreibung

Using python version of libwfdb 4.1.2 which is according to pypi the latest.

Since lately when accessing the annotations i do get the error

TypeError: Passing a set as an indexer is not supported. Use a list instead.

This is caused by passing the following indexing tuple in line

index_vals = {1, 5}
# annotation.py(1355)get_contained_labels
contained_labels = label_map.loc[index_vals, :]

for now i do fix this by replacing the above line by

contained_labels = label_map.loc[list(index_vals), :]

and any further occurence.

The reason is that pandas has droped support for settype index arround version 2.1.3 which i do have currently installed.

Beitragsleitfaden

Für dieses Repository ist kein Beitragsleitfaden indexiert

Erste Schritte

  1. Lies das ganze Issue und danach den Beitragsleitfaden des Projekts.
  2. Schreib ins Issue, dass du es übernimmst — das erspart doppelte Arbeit.
  3. Forke das Repository und arbeite in einem Branch.
  4. Öffne einen Pull Request, der die Issue-Nummer nennt.

Rechercherichtung

Beginne in annotation.py bei get_contained_labels, insbesondere bei der Indizierung um die Zeilen 1335-1355, und untersuche weitere Vorkommen der set-basierten label_map-Indizierung. Überprüfe den betroffenen Zugriffspfad für Annotationen mit pandas 2.1.3 oder höher; abgeschlossen ist die Aufgabe, wenn kein TypeError für set-Indexer mehr ausgelöst wird.

Vom Indexierungsmodell aus dem Issue-Text verfasst.

Bewertung

Tech-Stack
pandas, python
Bereich
data
Issue-Typ
Bug
Schwierigkeit
2/5
Geschätzter Aufwand
1-3 Stunden
Aktivitätsstatus
Veraltet
Klarheit
Klar beschrieben
Anfängerfreundlichkeit
45/100

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